Single-nucleus chromatin accessibility profiling highlights regulatory mechanisms of coronary artery disease risk.
Single-nucleus chromatin accessibility profiling highlights regulatory mechanisms of coronary artery disease risk.
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DOI：
10.1038/s41588-022-01069-0
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发表时间：
2022-06
期刊：
影响因子：
30.8
通讯作者：
Miller CL
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Turner AW;Hu SS;Mosquera JV;Ma WF;Hodonsky CJ;Wong D;Auguste G;Song Y;Sol-Church K;Farber E;Kundu S;Kundaje A;Lopez NG;Ma L;Ghosh SKB;Onengut-Gumuscu S;Ashley EA;Quertermous T;Finn AV;Leeper NJ;Kovacic JC;Björkegren JLM;Zang C;Miller CL
冠状动脉疾病（CAD）是一种复杂的炎症性疾病，涉及多种细胞类型的遗传影响。全基因组关联研究（GWAS）已经确定了200多个与CAD相关的基因位点，其中大多数风险变异存在于影响顺式调控元件（CREs）的非编码DNA序列中。在此，我们应用单核ATAC - seq技术对41例不同CAD阶段患者的冠状动脉节段中的28316个细胞核进行了分析，揭示了14个不同的细胞簇。我们绘制了所有细胞中约32万个可及位点，确定了细胞类型特异性元件、转录因子，并对功能性CAD风险变异进行了优先级排序。我们确定了平滑肌细胞（SMC）过渡状态（例如纤维肌细胞）中的元件，以及预计分别改变SMC和巨噬细胞对MRAS（3q22）和LIPA（10q23）特异性调控的功能性变异。我们还提名了关键驱动转录因子，如PRDM16和TBX2。总之，这个单核图谱为解释CAD风险连续过程中的调控机制迈出了关键的一步。
Coronary artery disease (CAD) is a complex inflammatory disease involving genetic influences across cell types. Genome-wide association studies (GWAS) have identified over 200 loci associated with CAD, where the majority of risk variants reside in noncoding DNA sequences impacting cis-regulatory elements (CREs). Here, we applied single-nucleus ATAC-seq to profile 28,316 nuclei across coronary artery segments from 41 patients with varying stages of CAD, which revealed 14 distinct cellular clusters. We mapped ~320,000 accessible sites across all cells, identified cell type-specific elements, transcription factors, and prioritized functional CAD risk variants. . We identified elements in smooth muscle cell (SMC) transition states (e.g. fibromyocytes) and functional variants predicted to alter SMC and macrophage-specific regulation of MRAS (3q22) and LIPA (10q23), respectively. We further nominated key driver transcription factors such as PRDM16 and TBX2. Together, this single nucleus atlas provides a critical step towards interpreting regulatory mechanisms across the continuum of CAD risk.
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影响因子：
30.8
作者：
Bulik-Sullivan, Brendan K.;Loh, Po-Ru;Finucane, Hilary K.;Ripke, Stephan;Yang, Jian;Patterson, Nick;Daly, Mark J.;Price, Alkes L.;Neale, Benjamin M.
通讯作者：
Neale, Benjamin M.
影响因子：
30.8
作者：
Calderon, Diego;Nguyen, Michelle L. T.;Pritchard, Jonathan K.
通讯作者：
Pritchard, Jonathan K.
影响因子：
4.8
作者：
Barron, MR;Belaguli, NS;Schwartz, RJ
通讯作者：
Schwartz, RJ
DOI：
10.1126/science.aau0730
发表时间：
2018-09-28
期刊：
Science (New York, N.Y.)
影响因子：
--
作者：
Cao J;Cusanovich DA;Ramani V;Aghamirzaie D;Pliner HA;Hill AJ;Daza RM;McFaline-Figueroa JL;Packer JS;Christiansen L;Steemers FJ;Adey AC;Trapnell C;Shendure J
通讯作者：
Shendure J
单细胞染色质可及性识别胰岛细胞类型和特定州糖尿病风险的调节计划。
影响因子：
30.8
作者：
Chiou, Joshua;Zeng, Chun;Cheng, Zhang;Han, Jee Yun;Schlichting, Michael;Miller, Michael;Mendez, Robert;Huang, Serina;Wang, Jinzhao;Sui, Yinghui;Deogaygay, Allison;Okino, Mei-Lin;Qiu, Yunjiang;Sun, Ying;Kudtarkar, Parul;Fang, Rongxin;Preissl, Sebastian;Sander, Maike;Gorkin, David U.;Gaulton, Kyle J.
通讯作者：
Gaulton, Kyle J.