Hybrid-Lambda: simulation of multiple merger and Kingman gene genealogies in species networks and species trees
Hybrid-Lambda: simulation of multiple merger and Kingman gene genealogies in species networks and species trees
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Hybrid-Lambda：物种网络和物种树中多重合并和 Kingman 基因谱系的模拟
DOI：
10.1101/023465
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发表时间：
2015
期刊：
影响因子：
--
通讯作者：
Zhu S
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Zhu S
研究背景：近年来，人们对祖先谱系多次合并的合并模型越来越感兴趣;结果Hybrid-Lambda是一个在物种网络或物种树中模拟多重合并和金曼合并过程下的基因谱系的软件包，它允许为不同的种群指定不同的合并过程，并且通过为每个群体指定群体大小，允许在世代和合并单元之间转换时间。此外，Hybrid-Lambda算法还可以生成模拟数据集，并计算FST统计量。作为一个例子，我们applyHybrid-Lambdato推断的时间细分的某些海洋无脊椎动物根据不同的合并processes.ConclusionsHybrid-Lambdamakes有可能调查高生育力物种表现出偏后代分布之间的地理一致性。
BackgroundThere has been increasing interest in coalescent models which admit multiple mergers of ancestral lineages; and to model hybridization and coalescence simultaneously.ResultsHybrid-Lambdais a software package that simulates gene genealogies under multiple merger and Kingman’s coalescent processes within species networks or species trees.Hybrid-Lambdaallows different coalescent processes to be specified for different populations, and allows for time to be converted between generations and coalescent units, by specifying a population size for each population. In addition,Hybrid-Lambdacan generate simulated datasets, assuming the infinitely many sites mutation model, and compute theFSTstatistic. As an illustration, we applyHybrid-Lambdato infer the time of subdivision of certain marine invertebrates under different coalescent processes.ConclusionsHybrid-Lambdamakes it possible to investigate biogeographic concordance among high fecundity species exhibiting skewed offspring distribution.
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DOI：
--
发表时间：
2007
期刊：
影响因子：
--
作者：
Jean;Jean;A. Siri
通讯作者：
A. Siri
SCRM：使用重组的近似合并有效地模拟长序列。
DOI：
10.1093/bioinformatics/btu861
发表时间：
2015-05-15
期刊：
Bioinformatics (Oxford, England)
影响因子：
--
作者：
Staab PR;Zhu S;Metzler D;Lunter G
通讯作者：
Lunter G
一种同时进行多个合并的合并过程，用于近似许多海洋生物的基因谱系。
影响因子：
1.4
作者：
Ori Sargsyan;J. Wakeley
通讯作者：
J. Wakeley
影响因子：
6.5
作者：
Yu, Yun;Cuong Than;Nakhleh, Luay
通讯作者：
Nakhleh, Luay
影响因子：
3.3
作者：
Eldon, B;Wakeley, J
通讯作者：
Wakeley, J