MADAP, a flexible clustering tool for the interpretation of one-dimensional genome annotation data.
MADAP, a flexible clustering tool for the interpretation of one-dimensional genome annotation data.
复制标题
MADAP，一种灵活的聚类工具，用于解释一维基因组注释数据。
DOI：
10.1093/nar/gkm343
复制
发表时间：
2007-07
影响因子：
14.9
通讯作者：
Delorenzi, Mauro
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Schmid, Christoph D.;Sengstag, Thierry;Bucher, Philipp;Delorenzi, Mauro
在分析来自高通量技术的海量基因组注释数据时，一个反复出现的任务是识别噪声信号轮廓中的峰或簇。这些应用的例子包括基于转录起始位点图谱的启动子的定义，基于芯片数据的转录因子结合位点的定位，以及从全基因组SNP图谱中识别数量性状基因座(QTL)。这种分析的输入是一组与计数或强度相关的基因组坐标。输出由具有各自体积、延伸和中心位置的离散数量的峰组成。为此，我们开发了一个灵活的一维集群工具，称为MADAP，我们将其作为Web服务器和独立程序提供。一组参数使用户能够针对特定问题定制程序。Web服务器以文本和图形形式返回结果，对于中小型应用程序以及针对需要本地安装的大型应用程序的评估和参数调整都很有用。用C++编写的程序可以从ftp://ftp.epd.unil.ch/pub/software/unix/madap.免费下载MADAP网络服务器可通过http://www.isrec.isb-sib.ch/madap/.访问。
A recurring task in the analysis of mass genome annotation data from high-throughput technologies is the identification of peaks or clusters in a noisy signal profile. Examples of such applications are the definition of promoters on the basis of transcription start site profiles, the mapping of transcription factor binding sites based on ChIP-chip data and the identification of quantitative trait loci (QTL) from whole genome SNP profiles. Input to such an analysis is a set of genome coordinates associated with counts or intensities. The output consists of a discrete number of peaks with respective volumes, extensions and center positions. We have developed for this purpose a flexible one-dimensional clustering tool, called MADAP, which we make available as a web server and as standalone program. A set of parameters enables the user to customize the procedure to a specific problem. The web server, which returns results in textual and graphical form, is useful for small to medium-scale applications, as well as for evaluation and parameter tuning in view of large-scale applications, requiring a local installation. The program written in C++ can be freely downloaded from ftp://ftp.epd.unil.ch/pub/software/unix/madap. The MADAP web server can be accessed at http://www.isrec.isb-sib.ch/madap/.
登录
查看更多内容
影响因子：
14.9
作者：
Suzuki, Y;Yamashita, R;Nakai, K
通讯作者：
Nakai, K
影响因子：
1.8
作者：
Hunt, L;Jorgensen, M
通讯作者：
Jorgensen, M
影响因子：
30.8
作者：
Carninci, Piero;Sandelin, Albin;Hayashizaki, Yoshihide
通讯作者：
Hayashizaki, Yoshihide
影响因子：
64.8
作者：
Kim, TH;Barrera, LO;Ren, B
通讯作者：
Ren, B
DOI：
10.1142/9789812701626_0023
发表时间：
2006-01-01
影响因子：
--
作者：
Lange, Eva;Gropl, Clemens;Hildebrandt, Andreas
通讯作者：
Hildebrandt, Andreas