Complete chloroplast genome of Pistacia chinensis Bunge (Anacardiaceae: Rhoideae), an important economical and ornamental plant
Complete chloroplast genome of Pistacia chinensis Bunge (Anacardiaceae: Rhoideae), an important economical and ornamental plant
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重要经济观赏植物黄连木（漆树科：Rhoideae）叶绿体全基因组
DOI：
10.1080/23802359.2020.1753593
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发表时间：
2020-04
期刊：
影响因子：
--
通讯作者：
Zhumei Ren
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Yujie Xu;Yanfeng Zhang;Zhumei Ren
摘要黄连木（Pistacia chinensis Bunge）是原产于我国的珍稀资源植物，在园艺和生产领域有着广泛的应用。本研究在Illumina平台上采用鸟枪法对中国对虾叶绿体全基因组进行了测序。中国对虾叶绿体基因组全长160，596 bp，GC含量为37.9%，由88，310 bp的大单拷贝（LSC）区、19，090 bp的小单拷贝（SSC）区和26，598 bp的反向重复序列（伊拉/IRB）组成。叶绿体基因组编码132个基因，其中蛋白质编码基因87个，tRNA基因37个，rRNA基因8个。采用最大似然法（ML）构建的系统发育分析支持漆树科各属的单系性，且黄连木属与漆树属为姐妹群，自展值为100%。黄连木与阿月浑子为姐妹花，与魏氏黄连木聚为一簇。
Abstract Pistacia chinensis Bunge (Anacardiaceae: Rhoideae) is a rare resource plant that originated in China, and has been widely used in horticultural and production field. In this study, we sequenced the complete chloroplast genome of P. chinensis on the Illumina platform by shotgun genome skimming method. The complete chloroplast genome of P. chinensis was 160,596 bp in length with the GC content 37.9%, which was comprised of a large single copy (LSC) region of 88,310 bp, a small single copy (SSC) region of 19,090bp, and a pair of inverted repeats (IRA/IRB) of 26,598 bp. The chloroplast genome encoded 132 genes including 87 protein-coding genes, 37 tRNA genes and 8 rRNA genes. Phylogenetic analysis constructed using maximum likelihood (ML) method strongly supported the monophyly of each genus used in the family Anacardiaceae, and the genus Pistacia is a sister group to the genus Rhus with 100% bootstrap value. Pistacia chinensis Bunge was sister to P. vera and then grouped with Pistacia weinmaniifolia as a cluster.
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DOI：
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发表时间：
2018
期刊：
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影响因子：
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作者：
J. Jin;Wen-bin Yu;Jun-bo Yang;Yu Song;T. Yi;De‐Zhu Li
通讯作者：
J. Jin;Wen-bin Yu;Jun-bo Yang;Yu Song;T. Yi;De‐Zhu Li
影响因子：
5.8
作者：
Wyman, SK;Jansen, RK;Boore, JL
通讯作者：
Boore, JL
影响因子：
--
作者：
Gao Hao
通讯作者：
Gao Hao
DOI：
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发表时间：
2005
期刊：
--
影响因子：
--
作者：
W. Tao
通讯作者：
W. Tao
DOI：
10.1093/bioinformatics/btu033
发表时间：
2014-05-01
期刊：
Bioinformatics (Oxford, England)
影响因子：
--
作者：
Stamatakis A
通讯作者：
Stamatakis A