Chromatin immunoprecipitation assay as a tool for analyzing transcription factor activity.
Chromatin immunoprecipitation assay as a tool for analyzing transcription factor activity.
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DOI：
10.1007/978-1-61779-376-9_6
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发表时间：
2012
期刊：
影响因子：
--
通讯作者：
Kalvakolanu, Dhan V.
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Gade, Padmaja;Kalvakolanu, Dhan V.
差异基因表达是由转录调控机制和染色质修饰通过DNA-蛋白质相互作用促进的。研究这一点的广泛使用的测定之一是染色质免疫沉淀（ChIP）测定，其能够分析调节分子与体内特异性启动子和组蛋白修饰的关联。这是巨大的价值，因为ChIP测定可以提供参与体内基因表达的调控机制的一瞥。本文概述了研究ChIP检测在转录因子（TF）差异募集中的一般策略和方案，并讨论了转录因子募集的全局分析。此外，应用ChIP检测发现依赖于特定转录因子的新基因。
Differential gene expression is facilitated by transcriptional regulatory mechanisms and chromatin modifications through DNA–protein interactions. One of the widely used assays to study this is chromatin immunoprecipitation (ChIP) assay, which enables analysis of association of regulatory molecules to specific promoters and histone modifications in vivo. This is of immense value as ChIP assays can provide glimpse of the regulatory mechanisms involved in gene expression in vivo. This article outlines the general strategies and protocols to study ChIP assays in differential recruitment of transcriptional factors (TFs) and also global analysis of transcription factor recruitment is discussed. Further, the applications of ChIP assays for discovering novel genes that are dependent on specific transcription factors were addressed.
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