GeSeq - versatile and accurate annotation of organelle genomes.
GeSeq - versatile and accurate annotation of organelle genomes.
复制标题
GESEQ-细胞器基因组的多功能和准确注释。
DOI：
10.1093/nar/gkx391
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发表时间：
2017-07-03
影响因子：
14.9
通讯作者：
Greiner S
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Tillich M;Lehwark P;Pellizzer T;Ulbricht-Jones ES;Fischer A;Bock R;Greiner S
我们已经开发了网络应用程序GeSeq（https：//chlorobox.mpimp-golm.mpg.de/geseq.html），用于快速准确地注释细胞器基因组序列，特别是叶绿体基因组。与现有工具相比，GeSeq将批处理与来自NCBI的细胞器基因组记录和/或用户上传的参考文献的完全可定制的参考序列选择相结合。对于叶绿体基因组的注释，本申请另外提供了人工管理的参考序列的集成数据库。GeSeq通过基于BLAT的同源性搜索识别基因或其他特征编码区域，此外，通过轮廓HMM搜索蛋白质和rRNA编码基因以及tRNA基因的两个从头预测因子。这些独特的功能使用户能够方便地比较不同的最先进的方法的注释，从而支持高质量的注释。GeSeq的主要输出是一个GenBank文件，通常只需要很少的管理，并立即通过OGDRAW可视化。GeSeq还提供各种可选的额外输出，以促进下游分析，例如比较基因组或系统发育研究。
We have developed the web application GeSeq (https://chlorobox.mpimp-golm.mpg.de/geseq.html) for the rapid and accurate annotation of organellar genome sequences, in particular chloroplast genomes. In contrast to existing tools, GeSeq combines batch processing with a fully customizable reference sequence selection of organellar genome records from NCBI and/or references uploaded by the user. For the annotation of chloroplast genomes, the application additionally provides an integrated database of manually curated reference sequences. GeSeq identifies genes or other feature-encoding regions by BLAT-based homology searches and additionally, by profile HMM searches for protein and rRNA coding genes and two de novo predictors for tRNA genes. These unique features enable the user to conveniently compare the annotations of different state-of-the-art methods, thus supporting high-quality annotations. The main output of GeSeq is a GenBank file that usually requires only little curation and is instantly visualized by OGDRAW. GeSeq also offers a variety of optional additional outputs that facilitate downstream analyzes, for example comparative genomic or phylogenetic studies.
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