AutoSeqMan: batch assembly of contigs for Sanger sequences.
AutoSeqMan: batch assembly of contigs for Sanger sequences.
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AutoSeqMan：桑格序列重叠群的批量组装
DOI：
10.24272/j.issn.2095-8137.2018.027
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发表时间：
2018-03-18
影响因子：
4.9
通讯作者：
Sun YB
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Jin JQ;Sun YB
随着DNA测序技术的广泛应用，越来越多的DNA序列通过桑格测序平台生成。SeqMan（在LaserGene软件包中）是一个优秀的程序，具有易于使用的图形用户界面（GUI），用于将桑格序列组装成重叠群。然而，随着数据量的增加，更大的样本集和更多的测序基因座使得重叠群组装变得复杂，因为运行SeqMan需要大量的手动操作。在这里，我们提出了'autoSeqMan'软件程序，它可以使用SeqMan脚本语言自动组装重叠群。有两个主要模块可用，即“分类”和“汇编”。Classification首先进行预处理工作，而Assembly则生成SeqMan脚本来连续组装分类文件的重叠群。通过与手工操作的比较，我们发现autoSeqMan在桑格序列的预处理和组装方面节省了大量的时间。我们希望这个工具对那些需要分析大量样本集，但编程经验很少的人有用。它是免费提供的。
With the wide application of DNA sequencing technology, DNA sequences are increasingly generated through the Sanger sequencing platform. SeqMan (in the LaserGene package) is an excellent program with an easy-to-use graphical user interface (GUI) employed to assemble Sanger sequences into contigs. However, with increasing data size, larger sample sets and more sequenced loci make contig assemble complicated due to the considerable number of manual operations required to run SeqMan. Here, we present the ‘autoSeqMan’ software program, which can automatedly assemble contigs using SeqMan scripting language. There are two main modules available, namely, ‘Classification’ and ‘Assembly’. Classification first undertakes preprocessing work, whereas Assembly generates a SeqMan script to consecutively assemble contigs for the classified files. Through comparison with manual operation, we showed that autoSeqMan saved substantial time in the preprocessing and assembly of Sanger sequences. We hope this tool will be useful for those with large sample sets to analyze, but with little programming experience. It is freely available at .
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