NOMAD-Ref: visualization, deformation and refinement of macromolecular structures based on all-atom normal mode analysis.
NOMAD-Ref: visualization, deformation and refinement of macromolecular structures based on all-atom normal mode analysis.
复制标题
DOI：
10.1093/nar/gkl082
复制
发表时间：
2006-07-01
影响因子：
14.9
通讯作者：
Delarue M
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Lindahl E;Azuara C;Koehl P;Delarue M
正态分析（NMA）是一种研究生物分子集体运动的有效方法，它绕过了计算成本和与全动力学模拟相关的许多限制。这里介绍的NOMAD-Ref web服务器提供了在线计算大分子（多达10万个原子）正常模式的工具，以保持其结构的完整的全原子表示，以及访问一些利用这些集体运动来变形和改进生物分子结构的程序。应用包括生成具有正确立体化学但任意大振幅运动的诱饵集，分子不同构象之间重叠的量化，根据实验数据（如x射线衍射结构因子或Cryo-EM图）改进结构，以及通过正常模式运动通过模拟受体/配体灵活性来优化对接复合物。可以通过URL访问服务器。
Normal mode analysis (NMA) is an efficient way to study collective motions in biomolecules that bypasses the computational costs and many limitations associated with full dynamics simulations. The NOMAD-Ref web server presented here provides tools for online calculation of the normal modes of large molecules (up to 100 000 atoms) maintaining a full all-atom representation of their structures, as well as access to a number of programs that utilize these collective motions for deformation and refinement of biomolecular structures. Applications include the generation of sets of decoys with correct stereochemistry but arbitrary large amplitude movements, the quantification of the overlap between alternative conformations of a molecule, refinement of structures against experimental data, such as X-ray diffraction structure factors or Cryo-EM maps and optimization of docked complexes by modeling receptor/ligand flexibility through normal mode motions. The server can be accessed at the URL .
登录
查看更多内容
影响因子：
5.6
作者：
Delarue, M;Sanejouand, YH
通讯作者：
Sanejouand, YH
影响因子：
5.8
作者：
Yang, LW;Liu, X;Bahar, I
通讯作者：
Bahar, I
DOI：
10.1016/s1359-0278(97)00024-2
发表时间：
1997-01-01
期刊：
FOLDING & DESIGN
影响因子：
--
作者：
Bahar, I;Atilgan, AR;Erman, B
通讯作者：
Erman, B
影响因子：
2.9
作者：
Krebs, WG;Alexandrov, V;Gerstein, M
通讯作者：
Gerstein, M
影响因子：
6.8
作者：
Wodak, SJ;Méndez, R
通讯作者：
Méndez, R