Cancer cell states recur across tumor types and form specific interactions with the tumor microenvironment.
Cancer cell states recur across tumor types and form specific interactions with the tumor microenvironment.
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DOI：
10.1038/s41588-022-01141-9
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发表时间：
2022-08
期刊：
影响因子：
30.8
通讯作者：
Yanai, Itai
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Barkley, Dalia;Moncada, Reuben;Pour, Maayan;Liberman, Deborah A.;Dryg, Ian;Werba, Gregor;Wang, Wei;Baron, Maayan;Rao, Anjali;Xia, Bo;Franca, Gustavo S.;Weil, Alejandro;Delair, Deborah F.;Hajdu, Cristina;Lund, Amanda W.;Osman, Iman;Yanai, Itai
已经在个体癌症类型中研究了肿瘤的恶性细胞之间的转录异质性，并显示其组织成癌细胞状态;然而，仍不清楚这些状态在多大程度上跨越肿瘤类型，构成癌症的一般特征。在这里，我们对15种癌症类型进行了泛癌单细胞RNA-Seq分析，并确定了一系列基因模块，其表达定义了复发性癌细胞状态，包括“应激”，“干扰素反应”，“上皮-间质转化”，“金属反应”，“基底”和“纤毛”。空间转录组分析将癌细胞中的干扰素反应与肿瘤微环境中的T细胞和巨噬细胞联系起来。使用小鼠模型，我们进一步发现干扰素应答模块的诱导因肿瘤位置而异，并且在淋巴细胞消除后减少。我们的工作为研究癌细胞状态如何与肿瘤微环境相互作用以形成能够免疫逃避、耐药性和转移的有组织系统提供了一个框架。
Transcriptional heterogeneity among malignant cells of a tumor has been studied in individual cancer types and shown to be organized into cancer cell states; however, it remains unclear to what extent these states span tumor types, constituting general features of cancer. Here, we perform a pan-cancer single-cell RNA-Seq analysis across 15 cancer types and identify a catalog of gene modules whose expression defines recurrent cancer cell states including ‘stress’, ‘interferon response’, ‘epithelial-mesenchymal transition’, ‘metal response’, ‘basal’ and ‘ciliated’. Spatial transcriptomic analysis linked the interferon response in cancer cells to T cells and macrophages in the tumor microenvironment. Using mouse models, we further found that induction of the interferon response module varies by tumor location and is diminished upon elimination of lymphocytes. Our work provides a framework for studying how cancer cell states interact with the tumor microenvironment to form organized systems capable of immune evasion, drug resistance, and metastasis.
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EMT亚型影响上皮可塑性和细胞迁移模式。
影响因子：
11.8
作者：
Aiello NM;Maddipati R;Norgard RJ;Balli D;Li J;Yuan S;Yamazoe T;Black T;Sahmoud A;Furth EE;Bar-Sagi D;Stanger BZ
通讯作者：
Stanger BZ
影响因子：
9.3
作者：
Baron M;Veres A;Wolock SL;Faust AL;Gaujoux R;Vetere A;Ryu JH;Wagner BK;Shen-Orr SS;Klein AM;Melton DA;Yanai I
通讯作者：
Yanai I
影响因子：
30.5
作者：
Dunn, GP;Bruce, AT;Schreiber, RD
通讯作者：
Schreiber, RD
影响因子：
9.3
作者：
Baron M;Tagore M;Hunter MV;Kim IS;Moncada R;Yan Y;Campbell NR;White RM;Yanai I
通讯作者：
Yanai I
DOI：
10.1084/jem.20101158
发表时间：
2011-09-26
期刊：
The Journal of experimental medicine
影响因子：
--
作者：
Diamond MS;Kinder M;Matsushita H;Mashayekhi M;Dunn GP;Archambault JM;Lee H;Arthur CD;White JM;Kalinke U;Murphy KM;Schreiber RD
通讯作者：
Schreiber RD