Normalyzer: a tool for rapid evaluation of normalization methods for omics data sets.
Normalyzer: a tool for rapid evaluation of normalization methods for omics data sets.
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DOI：
10.1021/pr401264n
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发表时间：
2014-06-06
影响因子：
4.4
通讯作者：
Levander, Fredrik
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Chawade, Aakash;Alexandersson, Erik;Levander, Fredrik
高通量组学数据通常包含在样本处理和数据生成的各个步骤中引入的系统偏差。由于这些偏差的来源通常是未知的，因此很难为给定的数据集选择最佳的标准化方法。为了促进这一过程，我们引入了开源工具“Normalyzer”。它使用 12 种不同的标准化方法对数据进行标准化，并生成包含多个定量和定性图的报告，用于对不同方法进行比较评估。 Normalyzer 的实用性通过定量蛋白质组学和转录组学的三个不同案例研究得到了证明。这些案例研究的结果表明，归一化方法的选择强烈影响下游定量比较的结果。 Normalyzer 是一个 R 包，可以在本地使用，也可以通过 .
High-throughput omics data often contain systematic biases introduced during various steps of sample processing and data generation. As the source of these biases is usually unknown, it is difficult to select an optimal normalization method for a given data set. To facilitate this process, we introduce the open-source tool “Normalyzer”. It normalizes the data with 12 different normalization methods and generates a report with several quantitative and qualitative plots for comparative evaluation of different methods. The usefulness of Normalyzer is demonstrated with three different case studies from quantitative proteomics and transcriptomics. The results from these case studies show that the choice of normalization method strongly influences the outcome of downstream quantitative comparisons. Normalyzer is an R package and can be used locally or through the online implementation at .
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