Conservation of a triple-helix-forming RNA stability element in noncoding and genomic RNAs of diverse viruses.
Conservation of a triple-helix-forming RNA stability element in noncoding and genomic RNAs of diverse viruses.
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DOI：
10.1016/j.celrep.2012.05.020
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发表时间：
2012-07-26
期刊：
影响因子：
8.8
通讯作者：
Steitz JA
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Tycowski KT;Shu MD;Borah S;Shi M;Steitz JA
人致癌γ疱疹病毒KSHV的长非编码（lnc）PAN（多腺苷酸化核）RNA的丰富表达依赖于称为ENE的顺式元件。ENE通过与poly（A）尾形成三螺旋抑制PAN RNA的快速核衰变来上调PAN RNA。使用基于结构的生物信息学，我们确定了六个新的ENE样元件在进化上不同的病毒基因组。其中五种是双链DNA病毒，包括哺乳动物疱疹病毒、昆虫多DNA病毒和原生动物拟态病毒。一个是在昆虫小核糖核酸样正链RNA病毒中，表明ENE可以抵消细胞质以及核RNA衰变途径。四个新的ENE元件的功能被证明在人类细胞中的无内含子多腺苷酸化报告转录本的积累增加。这些ENE的鉴定使得能够在另外两种γ疱疹病毒RRV和EHV 2中发现PAN RNA同源物。我们的研究结果表明，寻找结构元件可以快速识别lncRNA。
Abundant expression of the long noncoding (lnc) PAN (polyadenylated nuclear) RNA by the human oncogenic gammaherpesvirus KSHV depends on a cis-element called the ENE. The ENE upregulates PAN RNA by inhibiting its rapid nuclear decay through triple-helix formation with the poly(A) tail. Using structure-based bioinformatics, we identified six novel ENE-like elements in evolutionarily diverse viral genomes. Five are in double-stranded DNA viruses, including mammalian herpesviruses, insect polydnaviruses and a protist mimivirus. One is in an insect picorna-like positive-strand RNA virus, suggesting that the ENE can counteract cytoplasmic as well as nuclear RNA decay pathways. Functionality of four of the new ENE elements was demonstrated by increased accumulation of an intronless polyadenylated reporter transcript in human cells. Identification of these ENEs enabled the discovery of PAN RNA homologs in two additional gammaherpesviruses, RRV and EHV2. Our findings demonstrate that searching for structural elements can lead to rapid identification of lncRNAs.
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