SAMPL is a high-throughput solution to study unconstrained vertical behavior in small animals.
SAMPL is a high-throughput solution to study unconstrained vertical behavior in small animals.
复制标题
DOI：
10.1016/j.celrep.2023.112573
复制
发表时间：
2023-06-27
期刊：
影响因子：
8.8
通讯作者：
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
许多神经系统疾病会损害平衡和运动。行为监测的最新进展为姿势和运动学提供了前所未有的途径，但缺乏筛选候选基因/潜在疗法所需的吞吐量和可扩展性。在这里，我们提出了一种可扩展的装置来测量姿势和运动（SAMPL）。 SAMPL 包括可扩展的硬件和具有实时处理功能的开源软件，可以在黑腹果蝇、线虫和斑马鱼垂直移动时采集数据。使用 SAMPL，我们定义了斑马鱼在垂直导航时如何保持平衡，并发现遗传背景之间运动学参数之间微小但系统的变化。我们展示了 SAMPL 解决姿势和导航差异的能力，该差异是效果大小和收集的数据的函数，为屏幕提供关键数据。因此，SAMPL 既是平衡和运动障碍建模的工具，也是如何扩展设备以支持屏幕的范例。朱等人。 SAMPL 是一种低成本开源工具，用于实时测量苍蝇、蠕虫和幼鱼等小动物的姿势和垂直运动。 SAMPL 的高分辨率、可扩展性和吞吐量使其成为筛选平衡和运动修饰因子的有前景的工具。
Balance and movement are impaired in many neurological disorders. Recent advances in behavioral monitoring provide unprecedented access to posture and locomotor kinematics but without the throughput and scalability necessary to screen candidate genes/potential therapeutics. Here, we present a scalable apparatus to measure posture and locomotion (SAMPL). SAMPL includes extensible hardware and open-source software with real-time processing and can acquire data from D. melanogaster, C. elegans, and D. rerio as they move vertically. Using SAMPL, we define how zebrafish balance as they navigate vertically and discover small but systematic variations among kinematic parameters between genetic backgrounds. We demonstrate SAMPL’s ability to resolve differences in posture and navigation as a function of effect size and data gathered, providing key data for screens. SAMPL is therefore both a tool to model balance and locomotor disorders and an exemplar of how to scale apparatus to support screens. Zhu et al. present SAMPL, a low-cost, open-source tool for measuring posture and vertical locomotion in small animals such as flies, worms, and larval fish in real time. SAMPL’s high resolution, scalability, and throughput make it a promising tool for screening modifiers of balance and locomotion.
登录
查看更多内容
影响因子：
3
作者：
Tao, Liangyu;Bhandawat, Vikas
通讯作者：
Bhandawat, Vikas
影响因子：
5.7
作者：
Bagnall MW;Schoppik D
通讯作者：
Schoppik D
影响因子：
8.6
作者：
Bisdorff, AR;Bronstein, AM;Lees, AJ
通讯作者：
Lees, AJ
影响因子：
5.3
作者：
Chiel, Hillel J.;Ting, Lena H.;Hartmann, Mitra J. Z.
通讯作者：
Hartmann, Mitra J. Z.
影响因子：
4.7
作者：
Campbell, WA;Yang, H;Xia, WM
通讯作者：
Xia, WM