Twelve years of SAMtools and BCFtools.
Twelve years of SAMtools and BCFtools.
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DOI：
10.1093/gigascience/giab008
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发表时间：
2021-02-16
期刊：
影响因子：
9.2
通讯作者：
Li H
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Danecek P;Bonfield JK;Liddle J;Marshall J;Ohan V;Pollard MO;Whitwham A;Keane T;McCarthy SA;Davies RM;Li H
SAMtools和BCFtools是广泛用于处理和分析高通量测序数据的程序。它们包括用于文件格式转换和操作、排序、查询、统计、变体调用和效果分析等方法的工具。第一个版本在12年前出现在网上，此后一直在维护和进一步开发，多年来增加了许多新功能和改进。SAMtools和BCFtools软件包代表了一个独特的工具集合，已在许多其他软件项目和无数基因组管道中使用。SAMtools和BCFtools都可以在GitHub上免费获得，并在MIT许可下免费用于非商业和商业用途。这两个软件包已经通过Bioconda安装了超过100万次。源代码和文档可从https://www.htslib.org获得。
SAMtools and BCFtools are widely used programs for processing and analysing high-throughput sequencing data. They include tools for file format conversion and manipulation, sorting, querying, statistics, variant calling, and effect analysis amongst other methods. The first version appeared online 12 years ago and has been maintained and further developed ever since, with many new features and improvements added over the years. The SAMtools and BCFtools packages represent a unique collection of tools that have been used in numerous other software projects and countless genomic pipelines. Both SAMtools and BCFtools are freely available on GitHub under the permissive MIT licence, free for both non-commercial and commercial use. Both packages have been installed >1 million times via Bioconda. The source code and documentation are available from https://www.htslib.org.
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影响因子：
12.3
作者：
McLaren W;Gil L;Hunt SE;Riat HS;Ritchie GR;Thormann A;Flicek P;Cunningham F
通讯作者：
Cunningham F
影响因子：
5.8
作者：
Li, Heng
通讯作者：
Li, Heng
biobambam：用于 BAM 文件上基于读取对校对的算法的工具
影响因子：
--
作者：
Tischler G;Leonard S
通讯作者：
Leonard S
使用下一代 DNA 测序数据进行变异发现和基因分型的框架。
影响因子：
30.8
作者：
通讯作者：
--
DOI：
10.1093/bioinformatics/btw044
发表时间：
2016-06-01
期刊：
Bioinformatics (Oxford, England)
影响因子：
--
作者：
Narasimhan V;Danecek P;Scally A;Xue Y;Tyler-Smith C;Durbin R
通讯作者：
Durbin R