Enhancer viruses for combinatorial cell-subclass-specific labeling.
Enhancer viruses for combinatorial cell-subclass-specific labeling.
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DOI：
10.1016/j.neuron.2021.03.011
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发表时间：
2021-05-05
期刊：
影响因子：
16.2
通讯作者：
Tasic B
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Graybuck LT;Daigle TL;Sedeño-Cortés AE;Walker M;Kalmbach B;Lenz GH;Morin E;Nguyen TN;Garren E;Bendrick JL;Kim TK;Zhou T;Mortrud M;Yao S;Siverts LA;Larsen R;Gore BB;Szelenyi ER;Trader C;Balaram P;van Velthoven CTJ;Chiang M;Mich JK;Dee N;Goldy J;Cetin AH;Smith K;Way SW;Esposito L;Yao Z;Gradinaru V;Sunkin SM;Lein E;Levi BP;Ting JT;Zeng H;Tasic B
通过新的基因组单细胞分析方法快速鉴定细胞类型还没有得到这些细胞类型的有效实验途径。为了便于访问小鼠皮质中的特定神经群，我们收集了单个细胞的染色质可及性数据，并确定了针对细胞亚类和类型的增强子。当这些增强子克隆到重组腺相关病毒(AAVs)中并输送到大脑中时，这些增强子可以在特定的皮质细胞亚类中驱动转基因表达。我们对几种增强子AAVs进行了广泛的表征，以表明它们标记了不同的投射神经元亚类以及人类大脑皮层切片中的同源神经元亚类。我们还展示了将表达重组酶的增强子病毒耦合到新产生的转基因小鼠Ai213上，如何在单个转基因动物的大脑中对三个不同的神经元类别/亚类进行强标记。这种方法结合了前所未有的灵活性和特异性，用于研究小鼠脑内和其他部位的细胞类型。Graabuck和Daigle等人为成年小鼠皮质生成了一个单细胞染色质可及性数据集，并确定了功能增强子元件。他们创造了一套含有增强子的腺相关病毒来标记小鼠大脑中基因定义的细胞群体。
Rapid cell type identification by new genomic single-cell analysis methods has not been met with efficient experimental access to these cell types. To facilitate access to specific neural populations in mouse cortex, we collected chromatin accessibility data from individual cells and identified enhancers specific for cell subclasses and types. When cloned into recombinant adeno-associated viruses (AAVs) and delivered to the brain, these enhancers drive transgene expression in specific cortical cell subclasses. We extensively characterized several enhancer AAVs to show that they label different projection neuron subclasses as well as a homologous neuron subclass in human cortical slices. We also show how coupling enhancer viruses expressing recombinases to a newly generated transgenic mouse, Ai213, enables strong labeling of three different neuronal classes/subclasses in the brain of a single transgenic animal. This approach combines unprecedented flexibility with specificity for investigation of cell types in the mouse brain and beyond. Graybuck and Daigle et al., generated a single-cell chromatin accessibility dataset for adult mouse cortex and identified functional enhancer elements. They created a suite of enhancer-containing adeno associated viruses to label genetically defined cell populations in the mouse brain.
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影响因子：
64.8
作者：
Harris JA;Mihalas S;Hirokawa KE;Whitesell JD;Choi H;Bernard A;Bohn P;Caldejon S;Casal L;Cho A;Feiner A;Feng D;Gaudreault N;Gerfen CR;Graddis N;Groblewski PA;Henry AM;Ho A;Howard R;Knox JE;Kuan L;Kuang X;Lecoq J;Lesnar P;Li Y;Luviano J;McConoughey S;Mortrud MT;Naeemi M;Ng L;Oh SW;Ouellette B;Shen E;Sorensen SA;Wakeman W;Wang Q;Wang Y;Williford A;Phillips JW;Jones AR;Koch C;Zeng H
通讯作者：
Zeng H
影响因子：
25
作者：
Chan KY;Jang MJ;Yoo BB;Greenbaum A;Ravi N;Wu WL;Sánchez-Guardado L;Lois C;Mazmanian SK;Deverman BE;Gradinaru V
通讯作者：
Gradinaru V
影响因子：
5.3
作者：
Baker, Arielle;Kalmbach, Brian;Dembrow, Nikolai
通讯作者：
Dembrow, Nikolai
单细胞染色质可及性揭示了调节变化的原理。
影响因子：
64.8
作者：
Buenrostro JD;Wu B;Litzenburger UM;Ruff D;Gonzales ML;Snyder MP;Chang HY;Greenleaf WJ
通讯作者：
Greenleaf WJ
DOI：
10.1016/j.cub.2018.05.015
发表时间：
2018-07-09
期刊：
Current biology : CB
影响因子：
--
作者：
Blankvoort S;Witter MP;Noonan J;Cotney J;Kentros C
通讯作者：
Kentros C