Peptide Correlation Analysis (PeCorA) Reveals Differential Proteoform Regulation.
Peptide Correlation Analysis (PeCorA) Reveals Differential Proteoform Regulation.
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DOI：
10.1021/acs.jproteome.0c00602
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发表时间：
2021-04-02
影响因子：
4.4
通讯作者：
Meyer JG
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Dermit M;Peters-Clarke TM;Shishkova E;Meyer JG
鸟枪式蛋白质组学技术利用蛋白酶裂解蛋白质组产生的肽代用物来推断蛋白质的存在和数量。大多数蛋白质定量策略假设来自蛋白质的多个多肽在不同处理组中的定量行为相似，但由于(1)异质蛋白质形态和(2)技术人为因素，这种假设可能是错误的。在这里，我们描述了一种称为肽相关分析（PeCorA）的策略，该策略可以检测映射到相同蛋白质的肽之间的定量差异。PeCorA拟合线性模型，以评估肽在治疗组之间的变化是否与分配给同一蛋白质的所有其他肽不同。PeCorA显示，小鼠小胶质细胞应激数据集中约15%的蛋白质含有至少一种不一致肽。对不一致肽的检测表明，PeCorA可用于直接和间接检测受调节的翻译后修饰（PTMs），也可用于发现定量差的肽。在蛋白质数量汇总之前，排除定量差的肽可以减少基准数据集中的假阳性。最后，PeCorA表明，与非COVID-19对照组相比，COVID-19患者血浆中凝血酶原（一种凝血级联蛋白酶）的失活异构体更为丰富。PeCorA是一个免费的R包，可以与任意的定量肽表一起工作。
Shotgun proteomics techniques infer the presence and quantity of proteins using peptide proxies produced by cleavage of the proteome with a protease. Most protein quantitation strategies assume that multiple peptides derived from a protein will behave quantitatively similar across treatment groups, but this assumption may be false due to (1) heterogeneous proteoforms and (2) technical artifacts. Here we describe a strategy called peptide correlation analysis (PeCorA) that detects quantitative disagreements between peptides mapped to the same protein. PeCorA fits linear models to assess whether a peptide’s change across treatment groups differs from all other peptides assigned to the same protein. PeCorA revealed that ~15% of proteins in a mouse microglia stress data set contain at least one discordant peptide. Inspection of the discordant peptides shows the utility of PeCorA for the direct and indirect detection of regulated post-translational modifications (PTMs) and also for the discovery of poorly quantified peptides. The exclusion of poorly quantified peptides before protein quantity summarization decreased false-positives in a benchmark data set. Finally, PeCorA suggests that the inactive isoform of prothrombin, a coagulation cascade protease, is more abundant in plasma from COVID-19 patients relative to non-COVID-19 controls. PeCorA is freely available as an R package that works with arbitrary tables of quantified peptides.
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影响因子：
4.1
作者：
Lorenz, Robin;Moon, Eui-Whan;Herberg, Friedrich W.
通讯作者：
Herberg, Friedrich W.
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作者：
Guergues, Jennifer;Wohlfahrt, Jessica;Stevens, Stanley M., Jr.
通讯作者：
Stevens, Stanley M., Jr.
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作者：
Ackermann, Maximilian;Verleden, Stijn E.;Jonigk, Danny
通讯作者：
Jonigk, Danny
DOI：
10.1093/bioinformatics/btp101
发表时间：
2009-04-15
期刊：
Bioinformatics (Oxford, England)
影响因子：
--
作者：
Bindea G;Mlecnik B;Hackl H;Charoentong P;Tosolini M;Kirilovsky A;Fridman WH;Pagès F;Trajanoski Z;Galon J
通讯作者：
Galon J
DOI：
10.1111/j.2517-6161.1995.tb02031.x
发表时间：
1995-01-01
影响因子：
5.8
作者：
BENJAMINI, Y;HOCHBERG, Y
通讯作者：
HOCHBERG, Y