ClueGO: a Cytoscape plug-in to decipher functionally grouped gene ontology and pathway annotation networks.
ClueGO: a Cytoscape plug-in to decipher functionally grouped gene ontology and pathway annotation networks.
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DOI：
10.1093/bioinformatics/btp101
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发表时间：
2009-04-15
期刊：
影响因子：
--
通讯作者：
Galon J
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Bindea G;Mlecnik B;Hackl H;Charoentong P;Tosolini M;Kirilovsky A;Fridman WH;Pagès F;Trajanoski Z;Galon J
总结：我们已经开发了一个易于使用的Cytoscape插件，它大大提高了对大量基因的生物学解释。CQGO整合了基因本体（GO）术语以及KEGG/BioCarta途径，并创建了一个功能组织的GO/途径术语网络。它可以分析一个或比较两个基因列表，并全面可视化功能分组术语。一键更新选项允许CNOGO随时自动下载最新的GO/KEGG版本。CNOGO提供了分析结果的直观表示，并且可以选择与GOlorize插件结合使用。可用性：http://www.ici.upmc.fr/cluego/cluegoDownload.shtml联系人：杰罗姆. crc.jussieu.fr补充信息：补充数据可在生物信息学在线获得。
Summary: We have developed ClueGO, an easy to use Cytoscape plug-in that strongly improves biological interpretation of large lists of genes. ClueGO integrates Gene Ontology (GO) terms as well as KEGG/BioCarta pathways and creates a functionally organized GO/pathway term network. It can analyze one or compare two lists of genes and comprehensively visualizes functionally grouped terms. A one-click update option allows ClueGO to automatically download the most recent GO/KEGG release at any time. ClueGO provides an intuitive representation of the analysis results and can be optionally used in conjunction with the GOlorize plug-in. Availability: http://www.ici.upmc.fr/cluego/cluegoDownload.shtml Contact: jerome.galon@crc.jussieu.fr Supplementary information: Supplementary data are available at Bioinformatics online.
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