Collaboratively charting the gene-to-phenotype network of human congenital heart defects.
Collaboratively charting the gene-to-phenotype network of human congenital heart defects.
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DOI：
10.1186/gm137
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发表时间：
2010-03-01
期刊：
影响因子：
12.3
通讯作者：
Moreau Y
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Barriot R;Breckpot J;Thienpont B;Brohée S;Van Vooren S;Coessens B;Tranchevent LC;Van Loo P;Gewillig M;Devriendt K;Moreau Y
如何有效地整合分子生物学家，遗传学家和临床医生的日常实践与系统生物学的新兴计算策略仍然是一个悬而未决的问题。我们基于维基百科技术的最新进展，开发了一个协作知识库和基因优先级门户网站，旨在绘制基因和基因组区域，并解开它们与相应的人类表型，先天性心脏病（CHD）的关系。这个门户网站不仅是一个不断发展的社区知识库的遗传基础上的冠心病，但也是一个合作环境的候选基因的研究可能涉及冠心病-特别是通过整合最近的战略，统计优先级的候选基因。因此，它服务并连接了面临CHD的广泛社区，从儿科心脏病学家和临床遗传学家到心脏发生的基础研究者。这项研究描述了第一个专门的门户网站协作注释和分析基因表型网络。生物界的广泛兴趣，我们认为，这样的门户网站将发挥重要作用，在系统生物学研究的许多复杂的生物过程。CHDWiki可在http://www.esat.kuleuven.be/~bioiuser/chdwiki上访问
How to efficiently integrate the daily practice of molecular biologists, geneticists, and clinicians with the emerging computational strategies from systems biology is still much of an open question. We built on the recent advances in Wiki-based technologies to develop a collaborative knowledge base and gene prioritization portal aimed at mapping genes and genomic regions, and untangling their relations with corresponding human phenotypes, congenital heart defects (CHDs). This portal is not only an evolving community repository of current knowledge on the genetic basis of CHDs, but also a collaborative environment for the study of candidate genes potentially implicated in CHDs - in particular by integrating recent strategies for the statistical prioritization of candidate genes. It thus serves and connects the broad community that is facing CHDs, ranging from the pediatric cardiologist and clinical geneticist to the basic investigator of cardiogenesis. This study describes the first specialized portal to collaboratively annotate and analyze gene-phenotype networks. Of broad interest to the biological community, we argue that such portals will play a significant role in systems biology studies of numerous complex biological processes. CHDWiki is accessible at http://www.esat.kuleuven.be/~bioiuser/chdwiki
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影响因子：
12.3
作者：
McGary, Kriston L;Lee, Insuk;Marcotte, Edward M
通讯作者：
Marcotte, Edward M
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作者：
Lage, Kasper;Karlberg, E. Olof;Brunak, Soren
通讯作者：
Brunak, Soren
一种用于基因功能社区注释的基因Wiki。
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作者：
Huss, Jon W., III;Orozco, Camilo;Goodale, James;Wu, Chunlei;Batalov, Serge;Vickers, Tim J.;Valafar, Faramarz;Su, Andrew I.
通讯作者：
Su, Andrew I.
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作者：
Greenway, Steven C.;Pereira, Alexandre C.;Lin, Jennifer C.;DePalma, Steven R.;Israel, Samuel J.;Mesquita, Sonia M.;Ergul, Emel;Conta, Jessie H.;Korn, Joshua M.;McCarroll, Steven A.;Gorham, Joshua M.;Gabriel, Stacey;Altshuler, David M.;Quintanilla-Dieck, Maria de Lourdes;Artunduaga, Maria Alexandra;Eavey, Roland D.;Plenge, Robert M.;Shadick, Nancy A.;Weinblatt, Michael E.;De Jager, Philip L.;Hafler, David A.;Breitbart, Roger E.;Seidman, Jonathan G.;Seidman, Christine E.
通讯作者：
Seidman, Christine E.
影响因子：
9.8
作者：
Koehler, Sebastian;Bauer, Sebastian;Robinson, Peter N.
通讯作者：
Robinson, Peter N.