De novo copy number variants identify new genes and loci in isolated sporadic tetralogy of Fallot.
De novo copy number variants identify new genes and loci in isolated sporadic tetralogy of Fallot.
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DOI：
10.1038/ng.415
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发表时间：
2009-08
期刊：
影响因子：
30.8
通讯作者：
Seidman, Christine E.
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Greenway, Steven C.;Pereira, Alexandre C.;Lin, Jennifer C.;DePalma, Steven R.;Israel, Samuel J.;Mesquita, Sonia M.;Ergul, Emel;Conta, Jessie H.;Korn, Joshua M.;McCarroll, Steven A.;Gorham, Joshua M.;Gabriel, Stacey;Altshuler, David M.;Quintanilla-Dieck, Maria de Lourdes;Artunduaga, Maria Alexandra;Eavey, Roland D.;Plenge, Robert M.;Shadick, Nancy A.;Weinblatt, Michael E.;De Jager, Philip L.;Hafler, David A.;Breitbart, Roger E.;Seidman, Jonathan G.;Seidman, Christine E.
法洛四联症（TOF）是最常见的严重先天性心脏畸形，偶发性发生，无其他异常，70%的病例病因不明。对114名TOF患者及其未受影响的父母进行的全基因组调查确定了11种在2，265名对照中不存在或极其罕见（<0.1%）的从头拷贝数变异（CNV）。第二，独立的TOF队列（n = 398），然后检查在这些位点的额外的CNV。在1%（5/512，p = 0.0002，OR = 22.3）的非综合征型散发性TOF病例中，我们在染色体1q21.1处鉴定出CNVs。在3p25.1、7p21.3和22q11.2也发现了复发性CNV。单个TOF病例中的CNVs发生在6个位点，其中2个编码已知的疾病基因（NOTCH 1，JAG 1）。我们的数据预测，至少10%（4.5-15.5，95% CI）的散发性、非综合征性TOF反映了新发CNV，并暗示这些基因座内的突变是其他TOF病例的病因。
Tetralogy of Fallot (TOF), the most common severe congenital heart malformation, occurs sporadically, without other anomaly, and from unknown cause in 70% of cases. A genome-wide survey of 114 TOF patients and their unaffected parents identified 11 de novo copy number variants (CNVs) that were absent or extremely rare (<0.1%) in 2,265 controls. A second, independent TOF cohort (n = 398) was then examined for additional CNVs at these loci. In 1% (5/512, p = 0.0002, OR = 22.3) of non-syndromic sporadic TOF cases we identified CNVs at chromosome 1q21.1. Recurrent CNVs were also identified at 3p25.1, 7p21.3 and 22q11.2. CNVs in a single TOF case occurred at six loci, two that encode known (NOTCH1, JAG1) disease genes. Our data predicts that at least 10% (4.5–15.5, 95% CI) of sporadic, non-syndromic TOF reflects de novo CNVs and implicates mutations within these loci as etiologic in other cases of TOF.
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