Role of COL6A3 in colorectal cancer.
Role of COL6A3 in colorectal cancer.
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COL6A3 在结直肠癌中的作用
DOI：
10.3892/or.2018.6331
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发表时间：
2018-06
期刊：
影响因子：
4.2
通讯作者：
He H
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Liu W;Li L;Ye H;Tao H;He H
公共转录组数据库为全基因组共表达网络分析和发病机制的分子机制研究提供了宝贵的资源。为了发现可能影响患者生存的基因，对从NCBI基因表达综合数据库检索的人类结直肠癌（CRC）数据集进行了大规模分析。采用加权基因共表达网络分析（WGCNA）构建基因共表达网络。共鉴定了18个共表达基因模块，其中2个基因对应于细胞迁移和细胞周期，2个基因参与免疫应答，2个基因对应于线粒体功能，1个基因对应于RNA剪接。细胞迁移/细胞外基质模块中共有8个枢纽基因与CRC的不良预后相关，VI型胶原α3链（COL 6A 3）的P值最低。细胞类型特异性基因表达的计算机分析和COL 6A 3敲除实验表明COL 6A 3在CRC发展中的临床相关性。总之，本分析为理解CRC在转录水平上的分子特征提供了基础。COL 6A 3可能是一个有前途的生物标志物或CRC的预后和治疗的目标。
Public transcriptome databases provide a valuable resource for genome-wide co-expression network analysis and investigation of the molecular mechanisms that underlie pathogenesis. To discover genes that may affect patient survival, a large-scale analysis of human colorectal cancer (CRC) datasets that were retrieved from the NCBI Gene Expression Omnibus was performed. A gene co-expression network was constructed using weighted gene co-expression network analysis (WGCNA). A total of 18 co-expressed gene modules were identified, of which two genes corresponded to cell migration and the cell cycle, two genes were involved in immune responses, two genes corresponded to mitochondrial function, and one gene corresponded to RNA splicing. A total of eight hub genes in the cell migration/extracellular matrix module were associated with poor prognosis in CRC, and the P-value for collagen type VI α3 chain (COL6A3) was the lowest. In silico analysis of cell type-specific gene expression and COL6A3 knockout experiments indicated the clinical relevance of COL6A3 in the development of CRC. In summary, the present analysis provides a basis for understanding the molecular characterization of CRC at the transcription level. COL6A3 may be a promising biomarker or target for the prognosis and treatment of CRC.
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