The genomics of recovery from coral bleaching
The genomics of recovery from coral bleaching
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珊瑚白化恢复的基因组学
DOI：
10.1098/rspb.2017.1790
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发表时间：
2017
期刊：
影响因子：
--
通讯作者：
S. Palumbi
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
L. Thomas;S. Palumbi
周期性环境极端事件造成的生态破坏往往在具有复原力的生态系统中得到修复，但恢复到未受破坏状态的速度至关重要。衡量群落恢复的标准包括生物量、生产力和多样性，而衡量个体恢复的标准往往侧重于生理状况和恢复正常代谢功能。转录组学提供了一个窗口，在压力下的生物体的整个生理学，可以代表生物体恢复的整体观点。在这项研究中，我们跟踪七个菌落的鹿角珊瑚风信子自然漂白事件后的恢复。我们确定了一个大的环境压力反应，在该领域涉及约20%的主机转录组。转录组仍然在很大程度上扰动至少六个月后，温度已经冷却，四个月后共生种群已经恢复。此外，一小部分基因甚至在事件发生12个月后也没有恢复到以前的表达水平，大约是恢复正常生长速度的时候。这项研究是第一个将转录组学纳入环境压力恢复纵向数据集的研究。这些数据表明，在环境条件恢复正常和共生体种群恢复之后，珊瑚生理学长期受到巨大而持久的影响。
Ecological damage from periodic environmental extremes is often repaired in resilient ecosystems, but the rate of return to a non-damaged state is critical. Measures of recovery of communities include biomass, productivity and diversity, while measures of recovery of individuals tend to focus on physiological conditions and the return to normal metabolic functioning. Transcriptomics offers a window into the entire physiology of the organism under stress and can represent a holistic view of organismal recovery. In this study, we track the recovery of seven colonies of Acropora hyacinthus following a natural bleaching event. We identified a large environmental stress response in the field that involved approximately 20% of the host transcriptome. The transcriptome remained largely perturbed for at least six months after temperatures had cooled and four months after symbiont populations had recovered. Moreover, a small set of genes did not recover to previous expression levels even 12 months after the event, about the time that normal growth rates resumed. This study is among the first to incorporate transcriptomics into a longitudinal dataset of recovery from environmental stress. The data demonstrate large and lasting effects on coral physiology long after environmental conditions return to normal and symbiont populations recover.
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DOI：
10.1098/rspb.2015.1887
发表时间：
2015-11
期刊：
Proceedings of the Royal Society B: Biological Sciences
影响因子：
--
作者：
V. Schoepf;A. Grottoli;Stephen J. Levas;Matthew D. Aschaffenburg;Justin H. Baumann;Y. Matsui;M. Warner
通讯作者：
V. Schoepf;A. Grottoli;Stephen J. Levas;Matthew D. Aschaffenburg;Justin H. Baumann;Y. Matsui;M. Warner
溶解有机碳和浮游动物的异养吸收能否减轻每年白化珊瑚的碳预算赤字？
影响因子：
3.5
作者：
Levas, Stephen;Grottoli, Andréa G.;Schoepf, Verena;Aschaffenburg, Matthew;Baumann, Justin;Bauer, James E.;Warner, Mark E.
通讯作者：
Warner, Mark E.
影响因子：
5
作者：
Rodrigues, Lisa J.;Grottoli, Andrea G.
通讯作者：
Grottoli, Andrea G.
影响因子：
4.5
作者：
L. Rodrigues;A. Grottoli
通讯作者：
L. Rodrigues;A. Grottoli
Aiptasia 的基因组，一种珊瑚共生的海葵模型
DOI：
10.1073/pnas.1513318112
发表时间：
2015-09-22
影响因子：
11.1
作者：
Baumgarten, Sebastian;Simakov, Oleg;Voolstra, Christian R.
通讯作者：
Voolstra, Christian R.