The sequence features that define efficient and specific hAGO2-dependent miRNA silencing guides.
The sequence features that define efficient and specific hAGO2-dependent miRNA silencing guides.
复制标题
DOI：
10.1093/nar/gky546
复制
发表时间：
2018-09-19
影响因子：
14.9
通讯作者：
Major F
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Yan Y;Acevedo M;Mignacca L;Desjardins P;Scott N;Imane R;Quenneville J;Robitaille J;Feghaly A;Gagnon E;Ferbeyre G;Major F
MicroRNAs （miRNAs）是一种约21个核苷酸的核糖核酸（rna），可干扰信使rna （mrna）的翻译，并在发育和疾病中发挥重要作用。在双边动物中，miRNA靶向的特异性是由涉及种子的序列互补决定的。然而，剩余核苷酸（非种子）的作用仅是模糊定义，对我们有效使用外源mirna控制基因表达的能力产生负面影响。在这里，使用报告基因分析，我们破译了非种子区和目标mRNA之间形成的碱基对的作用。我们使用分子模型揭示了这种机制对应于由mirna诱导的沉默复合物的有序运动介导的碱基对的形成。随后，我们开发了一种基于这种独特识别的算法，以高精度地从序列中预测mRNA下调水平（r2 > 0.5， p值< 10−12）。总的来说，我们的发现改进了mirna引导序列的设计，用于同时下调多个预定靶基因的表达。
MicroRNAs (miRNAs) are ribonucleic acids (RNAs) of ∼21 nucleotides that interfere with the translation of messenger RNAs (mRNAs) and play significant roles in development and diseases. In bilaterian animals, the specificity of miRNA targeting is determined by sequence complementarity involving the seed. However, the role of the remaining nucleotides (non-seed) is only vaguely defined, impacting negatively on our ability to efficiently use miRNAs exogenously to control gene expression. Here, using reporter assays, we deciphered the role of the base pairs formed between the non-seed region and target mRNA. We used molecular modeling to reveal that this mechanism corresponds to the formation of base pairs mediated by ordered motions of the miRNA-induced silencing complex. Subsequently, we developed an algorithm based on this distinctive recognition to predict from sequence the levels of mRNA downregulation with high accuracy (r2 > 0.5, P-value < 10−12). Overall, our discovery improves the design of miRNA-guide sequences used to simultaneously downregulate the expression of multiple predetermined target genes.
登录
查看更多内容
影响因子：
64.8
作者：
Baek, Daehyun;Villen, Judit;Shin, Chanseok;Camargo, Fernando D.;Gygi, Steven P.;Bartel, David P.
通讯作者：
Bartel, David P.
对所有单核苷酸不匹配的靶位点，对活性siRNA的沉默效应进行系统分析。
影响因子：
14.9
作者：
Du, Q;Thonberg, H;Wang, J;Wahlestedt, C;Liang, ZC
通讯作者：
Liang, ZC
影响因子：
16
作者：
Bosson, Andrew D.;Zamudio, Jesse R.;Sharp, Phillip A.
通讯作者：
Sharp, Phillip A.
影响因子：
56.9
作者：
Giraldez, AJ;Mishima, Y;Schier, AF
通讯作者：
Schier, AF
DOI：
10.1073/pnas.0800803105
发表时间：
2008-07-08
影响因子：
11.1
作者：
Diederichs, Sven;Jung, Stephanie;Habert, Daniel A.
通讯作者：
Habert, Daniel A.