Unsupervised pattern discovery in human chromatin structure through genomic segmentation.
Unsupervised pattern discovery in human chromatin structure through genomic segmentation.
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DOI：
10.1038/nmeth.1937
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发表时间：
2012-03-18
期刊：
影响因子：
48
通讯作者：
Noble, William Stafford
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Hoffman, Michael M.;Buske, Orion J.;Wang, Jie;Weng, Zhiping;Bilmes, Jeff A.;Noble, William Stafford
我们应用动态贝叶斯网络方法，从多个功能基因组学实验中识别联合模式，ChIP-seq组蛋白修饰和转录因子数据，以及DNaseI-seq和fare -seq打开人类细胞系K562的染色质读出。在一种无监督的方式下，我们确定了与转录起始位点、基因末端、增强子、CTCF元件和抑制区域相关的模式。软件和基因组浏览器的轨迹在http://noble.gs.washington.edu/proj/segway/。
We applied a dynamic Bayesian network method that identifies joint patterns from multiple functional genomics experiments to ChIP-seq histone modification and transcription factor data, and DNaseI-seq and FAIRE-seq open chromatin readouts from the human cell line K562. In an unsupervised fashion, we identified patterns associated with transcription start sites, gene ends, enhancers, CTCF elements, and repressed regions. Software and genome browser tracks are at http://noble.gs.washington.edu/proj/segway/.
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影响因子：
9.8
作者：
ENCODE Project Consortium
通讯作者：
ENCODE Project Consortium
DOI：
10.1093/bioinformatics/btr064
发表时间：
2011-04-01
期刊：
Bioinformatics (Oxford, England)
影响因子：
--
作者：
Grant CE;Bailey TL;Noble WS
通讯作者：
Noble WS
DOI：
10.1007/978-1-61779-292-2_11
发表时间：
2012
期刊：
Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)
影响因子：
--
作者：
Takahashi, Hazuki;Kato, Sachi;Murata, Mitsuyoshi;Carninci, Piero
通讯作者：
Carninci, Piero
影响因子：
4.3
作者：
Reynolds SM;Käll L;Riffle ME;Bilmes JA;Noble WS
通讯作者：
Noble WS
影响因子：
2.7
作者：
JOHNSON, NL
通讯作者：
JOHNSON, NL