Disordered chromatin packing regulates phenotypic plasticity
Disordered chromatin packing regulates phenotypic plasticity
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染色质堆积紊乱调节表型可塑性
DOI：
10.1126/sciadv.aax6232
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发表时间：
2020
期刊：
影响因子：
13.6
通讯作者：
Roy, Hemant K.
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Virk, Ranya K.;Wu, Wenli;Almassalha, Luay M.;Bauer, Greta M.;Li, Yue;VanDerway, David;Frederick, Jane;Zhang, Di;Eshein, Adam;Roy, Hemant K.
三维超核体染色质包装通过基因可及性、结合亲和力和分子扩散等机制调控转录反应，在基因表达调控中发挥着重要作用。在这里，我们使用一个集成了无序染色质堆积（CP）和局部大分子拥挤（MC）的计算模型来研究物理因素，包括染色质密度、染色质堆积的尺度和染色质堆积结构域的大小，如何影响基因表达。我们通过计算和实验确定了这些物理因素，特别是染色质堆积结垢，在调节表型可塑性，通过影响细胞间转录延展性和异质性来决定对外部应激源的反应性方面的主要作用。将CPMC模型预测应用于癌症患者的转录数据，我们确定了患者生存与肿瘤细胞表型可塑性之间的反比关系。
Three-dimensional supranucleosomal chromatin packing plays a profound role in modulating gene expression by regulating transcription reactions through mechanisms such as gene accessibility, binding affinities, and molecular diffusion. Here, we use a computational model that integrates disordered chromatin packing (CP) with local macromolecular crowding (MC) to study how physical factors, including chromatin density, the scaling of chromatin packing, and the size of chromatin packing domains, influence gene expression. We computationally and experimentally identify a major role of these physical factors, specifically chromatin packing scaling, in regulating phenotypic plasticity, determining responsiveness to external stressors by influencing both intercellular transcriptional malleability and heterogeneity. Applying CPMC model predictions to transcriptional data from cancer patients, we identify an inverse relationship between patient survival and phenotypic plasticity of tumor cells.
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DOI：
10.1139/o08-110
发表时间：
2009-02
期刊：
Biochemistry and cell biology = Biochimie et biologie cellulaire
影响因子：
--
作者：
Gerlitz G;Hock R;Ueda T;Bustin M
通讯作者：
Bustin M
影响因子：
14.5
作者：
Reddy KL;Feinberg AP
通讯作者：
Feinberg AP
影响因子：
48
作者：
Langmead, Ben;Salzberg, Steven L.
通讯作者：
Salzberg, Steven L.
影响因子：
30.8
作者：
Weinstein, John N.;Collisson, Eric A.;Mills, Gordon B.;Shaw, Kenna R. Mills;Ozenberger, Brad A.;Ellrott, Kyle;Shmulevich, Ilya;Sander, Chris;Stuart, Joshua M.
通讯作者：
Stuart, Joshua M.
影响因子：
3.4
作者：
Morelli, Marco J.;Allen, Rosalind J.;ten Wolde, Pieter Rein
通讯作者：
ten Wolde, Pieter Rein