Deep proteomics of the Xenopus laevis egg using an mRNA-derived reference database.
Deep proteomics of the Xenopus laevis egg using an mRNA-derived reference database.
复制标题
DOI：
10.1016/j.cub.2014.05.044
复制
发表时间：
2014-07-07
期刊：
影响因子：
--
通讯作者：
Kirschner MW
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Wühr M;Freeman RM Jr;Presler M;Horb ME;Peshkin L;Gygi S;Kirschner MW
基于质谱学的蛋白质组学能够在全球范围内识别和定量复杂生物样品中的蛋白质及其翻译后修饰。然而，蛋白质组学分析需要完整和准确的蛋白质参考集，因此在很大程度上局限于具有测序基因组的模型生物。在这里，我们使用来自不同来源的信使核糖核酸数据的参考蛋白质组证明了深层无基因组蛋白质组学的可行性。我们从未受精的莱氏X.laevis卵子中以99%的置信度鉴定了超过11k的蛋白质，并以大约两倍的精度估计蛋白质丰度。我们的参考数据库的性能优于基于基因组DNA测序的临时基因模型和其他方法生成的参考。令人惊讶的是，我们发现鸡蛋中的许多蛋白质缺乏mRNA支持，其中许多蛋白质存在于血液或肝脏中，这表明它们与卵黄一起，在卵母细胞生长和成熟过程中从血浆中摄取，可能有助于早期胚胎发育。为了促进非模式生物的蛋白质组学，我们将我们的平台作为一个在线资源，将不同种类的mRNA数据转换为蛋白质参考集。因此，我们证明了无基因组蛋白质组学的可行性和力量，同时也为脊椎动物的胚胎发生提供了新的线索。
Mass spectrometry based proteomics enables the global identification and quantification of proteins and their post-translational modifications in complex biological samples. However, proteomic analysis requires a complete and accurate reference set of proteins, and is therefore largely restricted to model organisms with sequenced genomes. Here, we demonstrate the feasibility of deep genome-free proteomics using a reference proteome derived from heterogeneous mRNA data. We identify more than 11k proteins with 99% confidence from the unfertilized X. laevis egg and estimate protein abundance with approximately two-fold precision. Our reference database outperforms the provisional gene models based on genomic DNA-sequencing and references generated by other methods. Surprisingly, we find that many proteins in the egg lack mRNA support and many of these proteins are found in blood or liver, suggesting that they are taken up from the blood plasma, together with yolk, during oocyte growth and maturation, potentially contributing to early embryogenesis. To facilitate proteomics in non-model organisms, we make our platform available as an online resource which converts heterogeneous mRNA data into a protein reference set. Thus, we demonstrate the feasibility and power of genome-free proteomics while shedding new light on embryogenesis in vertebrates.
登录
查看更多内容
影响因子：
9.9
作者：
通讯作者：
--
影响因子：
64.5
作者：
Huttlin EL;Jedrychowski MP;Elias JE;Goswami T;Rad R;Beausoleil SA;Villén J;Haas W;Sowa ME;Gygi SP
通讯作者：
Gygi SP
影响因子：
7
作者：
Menschaert, Gerben;Van Criekinge, Wim;Van Damme, Petra
通讯作者：
Van Damme, Petra
影响因子：
8.8
作者：
Low, Teck Yew;van Heesch, Sebastiaan;Guryev, Victor
通讯作者：
Guryev, Victor
影响因子：
3.5
作者：
di Prisco, G;Cocca, E;Detrich, HW
通讯作者：
Detrich, HW