Analysis of Reaction Network Systems Using Tropical Geometry
Analysis of Reaction Network Systems Using Tropical Geometry
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使用热带几何分析反应网络系统
DOI：
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发表时间：
2015
期刊：
影响因子：
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通讯作者：
O. Radulescu
中科院分区：
文献类型：
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作者：
S. Samal;D. Grigoriev;H. Fröhlich;O. Radulescu
讨论了具有多项式或有理速率函数的反应网络系统的一种新的分析方法。这种方法是基于计算热带平衡定义的平等的至少两个占主导地位的单项式的相反的迹象，在每个动态变量的微分方程。在代数几何中，热带平衡问题等同于寻找热带前变种，即热带超曲面的有限交集。具有相同的一组主导单项式的热带平衡定义了一个分支或等价类。最小分支特别有趣，因为它们描述了反应网络的最简单状态。我们提供了一种方法来计算最小分支的数量，并找到每个分支有代表性的热带平衡。
We discuss a novel analysis method for reaction network systems with polynomial or rational rate functions. This method is based on computing tropical equilibrations defined by the equality of at least two dominant monomials of opposite signs in the differential equations of each dynamic variable. In algebraic geometry, the tropical equilibration problem is tantamount to finding tropical prevarieties, that are finite intersections of tropical hypersurfaces. Tropical equilibrations with the same set of dominant monomials define a branch or equivalence class. Minimal branches are particularly interesting as they describe the simplest states of the reaction network. We provide a method to compute the number of minimal branches and to find representative tropical equilibrations for each branch.
DOI：
10.1073/pnas.88.16.7328
发表时间：
1991-08-01
影响因子：
11.1
作者：
TYSON, JJ
通讯作者：
TYSON, JJ