FragSeq: transcriptome-wide RNA structure probing using high-throughput sequencing.
FragSeq: transcriptome-wide RNA structure probing using high-throughput sequencing.
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DOI：
10.1038/nmeth.1529
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发表时间：
2010-12
期刊：
影响因子：
48
通讯作者：
Haussler, David
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Underwood, Jason G.;Uzilov, Andrew V.;Katzman, Sol;Onodera, Courtney S.;Mainzer, Jacob E.;Mathews, David H.;Lowe, Todd M.;Salama, Sofie R.;Haussler, David
以前，研究非编码RNA （ncRNA）的结构时，使用酶和化学物质每次只能探测一个RNA，使用凝胶电泳来确定反应位置。为了加速RNA结构推断，我们开发了FragSeq，这是一种高通量RNA结构探测方法，对核酸酶P1产生的片段进行高通量RNA测序，该酶专门切割单链核酸。在探测整个小鼠核转录组的实验中，我们表明我们可以准确地同时绘制具有已知结构的多个ncrna中的单链区域（ssRNA）。我们在两种细胞类型中进行探测以证明可重复性。我们还鉴定并实验验证了以前从未探测过的ncrna中的结构区域。
Previous efforts to determine structures of non-coding RNA (ncRNA) probed only one RNA at a time with enzymes and chemicals, using gel electrophoresis to identify reactive positions. To accelerate RNA structure inference, we have developed FragSeq, a high-throughput RNA structure probing method that uses high-throughput RNA sequencing on fragments generated by nuclease P1, which specifically cleaves single stranded nucleic acids. In experiments probing the entire mouse nuclear transcriptome, we show that we can accurately and simultaneously map single-stranded regions (ssRNA) in multiple ncRNAs with known structure. We carried out probing in two cell types to demonstrate reproducibility. We also identified and experimentally validated structured regions in ncRNAs never previously probed.
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