Linking post-translational modifications and protein turnover by site-resolved protein turnover profiling.
Linking post-translational modifications and protein turnover by site-resolved protein turnover profiling.
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DOI：
10.1038/s41467-021-27639-0
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发表时间：
2022-01-10
影响因子：
16.6
通讯作者：
Kuster B
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Zecha J;Gabriel W;Spallek R;Chang YC;Mergner J;Wilhelm M;Bassermann F;Kuster B
蛋白质组对蛋白质周转的测量在很大程度上忽略了翻译后修饰(PTM)的影响。为了弥补这一差距，我们使用稳定的同位素标记和质谱仪来测量>；120,000种多肽形式的周转率，其中包括>；33,000个磷酸化、乙酰化和泛素化的多肽，用于>；9,000种天然蛋白质。这种位点分辨蛋白质周转率(SPOT)图谱揭示了与PTMS的存在或不存在相关的全球和特定位点的营业额差异。虽然因果关系可能并不总是立即明显的，我们推测，不同周转的PTM可能区分不同的蛋白质稳定性、结构、定位、酶活性或蛋白质-蛋白质相互作用的状态。我们展示了营业额数据如何提供对PTMS未知功能的洞察，并提供一个免费访问的在线工具，允许对所有营业额数据进行询问和可视化。Spot方法适用于许多细胞类型和修饰，为未来的功能研究提供了优先考虑PTM的可能性。翻译后修饰(PTM)可以调节细胞蛋白质的功能，但它们对蛋白质周转的全球影响在很大程度上是未知的。在这里，作者开发了蛋白质组工作流程来描述PTM分解的蛋白质周转，并分析了磷酸化、乙酰化和泛素化的影响。
Proteome-wide measurements of protein turnover have largely ignored the impact of post-translational modifications (PTMs). To address this gap, we employ stable isotope labeling and mass spectrometry to measure the turnover of >120,000 peptidoforms including >33,000 phosphorylated, acetylated, and ubiquitinated peptides for >9,000 native proteins. This site-resolved protein turnover (SPOT) profiling discloses global and site-specific differences in turnover associated with the presence or absence of PTMs. While causal relationships may not always be immediately apparent, we speculate that PTMs with diverging turnover may distinguish states of differential protein stability, structure, localization, enzymatic activity, or protein-protein interactions. We show examples of how the turnover data may give insights into unknown functions of PTMs and provide a freely accessible online tool that allows interrogation and visualisation of all turnover data. The SPOT methodology is applicable to many cell types and modifications, offering the potential to prioritize PTMs for future functional investigations. Post-translational modifications (PTMs) can regulate cellular protein function but their global impact on protein turnover is largely unknown. Here, the authors develop proteomic workflows to profile PTM-resolved protein turnover and analyze the effects of phosphorylation, acetylation and ubiquitination.
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影响因子：
82.9
作者：
Baumann, Ursula;Fernandez-Saiz, Vanesa;Bassermann, Florian
通讯作者：
Bassermann, Florian
影响因子：
21.3
作者：
Carrano, AC;Eytan, E;Pagano, M
通讯作者：
Pagano, M
影响因子：
11.4
作者：
Ito, A;Kawaguchi, Y;Yao, TP
通讯作者：
Yao, TP
影响因子：
14.9
作者：
Kumar, Manjeet;Gouw, Marc;Gibson, Toby J.
通讯作者：
Gibson, Toby J.
DOI：
10.1016/j.bbamcr.2008.10.017
发表时间：
2009-02-01
影响因子：
5.1
作者：
Kim, Tae-Sung;Kim, Hag Dong;Kim, Joon
通讯作者：
Kim, Joon