Validation of cryo-EM structure of IP₃R1 channel.
Validation of cryo-EM structure of IP₃R1 channel.
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DOI：
10.1016/j.str.2013.04.016
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发表时间：
2013-06-04
期刊：
影响因子：
5.7
通讯作者：
Serysheva, Irina I.
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Murray, Stephen C.;Flanagan, John;Popova, Olga B.;Chiu, Wah;Ludtke, Steven J.;Serysheva, Irina I.
大约在十年前，IP3R1的三种低分辨率电子低温显微镜（cryo-EM）单粒子重建被报道。令人不安的是，这些结构彼此之间几乎没有相似之处，即使在第四纪结构的水平上也是如此。最近，我们发表了一种改进的IP3R1在~ 1nm分辨率下的结构。然而，这种结构与之前发表的三种结构中的任何一种都没有任何相似之处，这导致了为什么新结构应该被认为比原来的三种结构更可靠的问题。在这里，我们应用了几种方法，包括类平均/图比较、倾斜对验证和使用多个优化软件包，为我们最近的结构的可靠性提供了强有力的证据。地图分辨率和特征可解析性是用“金标准”标准来评估的。这种方法一般适用于评估其他分子机器的低温电镜图的有效性。
About a decade ago, three electron cryomicroscopy (cryo-EM) single particle reconstructions of IP3R1 were reported at low resolution. Disturbingly, these structures bore little similarity to one another, even at the level of quaternary structure. Recently, we published an improved structure of IP3R1 at ~1 nm resolution. However, this structure did not bear any resemblance to any of the three previously published structures, leading to the question of why the new structure should be considered more reliable than the original three. Here we apply several methods, including class-average/map comparisons, tilt-pair validation, and use of multiple refinement software packages, to give strong evidence for the reliability of our recent structure. The map resolution and feature resolvability are assessed with the ‘gold standard’ criterion. This approach is generally applicable to assessing the validity of cryo-EM maps of other molecular machines.
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作者：
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