The Pathway Tools cellular overview diagram and Omics Viewer.
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DOI：
10.1093/nar/gkl334
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发表时间：
2006
影响因子：
14.9
通讯作者：
Karp, Peter D.
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Paley, Suzanne M.;Karp, Peter D.
Pathway Tools细胞概览图是生物体生化网络的可视化表示。概述是根据描述该生物体的途径/基因组数据库自动创建的。细胞概述包括代谢，运输和信号通路，以及其他膜和质周蛋白。Pathway Tools通过概述图支持细胞生化网络的询问和探索。此外，一个名为组学查看器的软件组件使用概览图作为组织框架，提供了对整个生物体数据集的可视化分析。例如，基因表达和代谢组学测量，单独或组合，可以绘制在概述上，也可以计算整个生物体数据集，如预测的反应通量值。细胞概述和组学查看器提供了一种机制，使生物学家可以应用人类视觉系统的模式识别能力来分析生物学意义背景下的大规模数据集。SRI的BioCyc.org网站提供了200多种生物的概览图。本文描述了自1999年出版以来对概述所做的增强，包括自动布局功能、扩展了它所包含的细胞机制、新的语义缩放和海报生成功能，以及扩展了Omics Viewer以支持代谢物的绘制、动画和缩放到单个通路图。
The Pathway Tools cellular overview diagram is a visual representation of the biochemical network of an organism. The overview is automatically created from a Pathway/Genome Database describing that organism. The cellular overview includes metabolic, transport and signaling pathways, and other membrane and periplasmic proteins. Pathway Tools supports interrogation and exploration of cellular biochemical networks through the overview diagram. Furthermore, a software component called the Omics Viewer provides visual analysis of whole-organism datasets using the overview diagram as an organizing framework. For example, gene expression and metabolomics measurements, alone or in combination, can be painted onto the overview, as can computed whole-organism datasets, such as predicted reaction-flux values. The cellular overview and Omics Viewer provide a mechanism whereby biologists can apply the pattern-recognition capabilities of the human visual system to analyze large-scale datasets in a biologically meaningful context. SRI's BioCyc.org website provides overview diagrams for more than 200 organisms. This article describes enhancements to the overview made since a 1999 publication, including the automatic layout capability, expansion of the cellular machinery that it includes, new semantic zooming and poster-generating capabilities, and extension of the Omics Viewer to support painting of metabolites, animations and zooming to individual pathway diagrams.
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影响因子：
17.3
作者：
Karp, PP;Krummenacker, M;Wagg, J
通讯作者：
Wagg, J
DOI：
10.1073/pnas.091062498
发表时间：
2001-04-24
影响因子：
11.1
作者：
Tusher, VG;Tibshirani, R;Chu, G
通讯作者：
Chu, G
影响因子：
14.9
作者：
Chung, HJ;Kim, M;Kim, JH
通讯作者：
Kim, JH
影响因子：
14.9
作者：
Karp PD;Ouzounis CA;Moore-Kochlacs C;Goldovsky L;Kaipa P;Ahrén D;Tsoka S;Darzentas N;Kunin V;López-Bigas N
通讯作者：
López-Bigas N
影响因子：
5.8
作者：
Paley, SM;Karp, PD
通讯作者：
Karp, PD