Chemistry and Bioinformatics Considerations in Using Next-Generation Sequencing Technologies to Inferring HIV Proviral DNA Genome-Intactness.
Chemistry and Bioinformatics Considerations in Using Next-Generation Sequencing Technologies to Inferring HIV Proviral DNA Genome-Intactness.
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DOI：
10.3390/v13091874
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发表时间：
2021-09-19
期刊：
影响因子：
--
通讯作者：
Lee GQ
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Lee GQ
HIV通过将病毒DNA整合到人类基因组中而持续存在。受感染个体内的HIV DNA库是一个复杂的群体，包括完整的和有缺陷的病毒基因组，每个基因组都有一个独特的整合位点，以及一个独特的病毒准物种库。获得病毒DNA库的准确概况对于理解病毒持久性和解决宿主间差异至关重要。新一代深度测序（NGS）技术的最新进展使得两种测序方法能够以单分子分辨率捕获病毒近全基因组序列（FLIP-seq）或与相关病毒整合位点（MIP-seq）共同捕获全长病毒基因组序列。本文旨在概述FLIP-seq和MIP-seq，讨论它们的优势和局限性，并概述使用这些检测方法研究HIV持久性时需要关注的特定化学和生物信息学问题。
HIV persists via integration of the viral DNA into the human genome. The HIV DNA pool within an infected individual is a complex population that comprises both intact and defective viral genomes, each with a distinct integration site, in addition to a unique repertoire of viral quasi-species. Obtaining an accurate profile of the viral DNA pool is critical to understanding viral persistence and resolving interhost differences. Recent advances in next-generation deep sequencing (NGS) technologies have enabled the development of two sequencing assays to capture viral near-full- genome sequences at single molecule resolution (FLIP-seq) or to co-capture full-length viral genome sequences in conjunction with its associated viral integration site (MIP-seq). This commentary aims to provide an overview on both FLIP-seq and MIP-seq, discuss their strengths and limitations, and outline specific chemistry and bioinformatics concerns when using these assays to study HIV persistence.
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影响因子：
6.7
作者：
Bui, John K.;Halvas, Elias K.;Mellors, John W.
通讯作者：
Mellors, John W.
DOI：
10.1073/pnas.94.24.13193
发表时间：
1997-11-25
影响因子：
11.1
作者：
Chun, TW;Stuyver, L;Fauci, AS
通讯作者：
Fauci, AS
影响因子：
15.3
作者：
Gaebler, Christian;Lorenzi, Julio C. C.;Nussenzweig, Michel C.
通讯作者：
Nussenzweig, Michel C.
影响因子：
3.7
作者：
Adamowicz, Michael S.;Stasulli, Dominique M.;Bille, Todd W.
通讯作者：
Bille, Todd W.
影响因子：
3.3
作者：
Boltz VF;Rausch J;Shao W;Hattori J;Luke B;Maldarelli F;Mellors JW;Kearney MF;Coffin JM
通讯作者：
Coffin JM