VANTED v2: a framework for systems biology applications.
VANTED v2: a framework for systems biology applications.
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DOI：
10.1186/1752-0509-6-139
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发表时间：
2012-11-10
影响因子：
--
通讯作者：
Schreiber F
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Rohn H;Junker A;Hartmann A;Grafahrend-Belau E;Treutler H;Klapperstück M;Czauderna T;Klukas C;Schreiber F
实验数据集变得越来越大，越来越复杂，跨越不同的数据域，从而扩大了对各自工具支持的要求。网络为多组学实验数据集的集成、分析和可视化提供了基础。在这里，我们提出了Vanted（版本2），系统生物学应用程序的框架，其中包括一个全面的七个主要任务。这些范围从网络重建，数据可视化，各种数据类型的集成，网络模拟到数据探索，结合可视化和数据交换的系统生物学标准的多种支持。所提供的功能集通过组合多个任务来实例化，以便使用户能够从不同的角度查看和探索综合数据集。我们描述的系统以及一个示例性的工作流程。Vanted是一个独立的框架，在数据分析和解释阶段为科学家提供支持。它是一个Java开源工具，可以从http://www.vanted.org获得。
Experimental datasets are becoming larger and increasingly complex, spanning different data domains, thereby expanding the requirements for respective tool support for their analysis. Networks provide a basis for the integration, analysis and visualization of multi-omics experimental datasets. Here we present Vanted (version 2), a framework for systems biology applications, which comprises a comprehensive set of seven main tasks. These range from network reconstruction, data visualization, integration of various data types, network simulation to data exploration combined with a manifold support of systems biology standards for visualization and data exchange. The offered set of functionalities is instantiated by combining several tasks in order to enable users to view and explore a comprehensive dataset from different perspectives. We describe the system as well as an exemplary workflow. Vanted is a stand-alone framework which supports scientists during the data analysis and interpretation phase. It is available as a Java open source tool from http://www.vanted.org.
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影响因子：
5.8
作者：
Hucka, M;Finney, A;Wang, J
通讯作者：
Wang, J
影响因子：
5.8
作者：
Graessler, Johannes;Koschuetzki, Dirk;Schreiber, Falk
通讯作者：
Schreiber, Falk
影响因子：
3.4
作者：
Gupta, Shakti;Maurya, Mano Ram;Subramaniam, Shankar
通讯作者：
Subramaniam, Shankar
影响因子：
14.9
作者：
Hu Z;Hung JH;Wang Y;Chang YC;Huang CL;Huyck M;DeLisi C
通讯作者：
DeLisi C
影响因子：
2.9
作者：
Edwards, JS;Palsson, BO
通讯作者：
Palsson, BO