Implementation of the Hungarian algorithm to account for ligand symmetry and similarity in structure-based design.
Implementation of the Hungarian algorithm to account for ligand symmetry and similarity in structure-based design.
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DOI：
10.1021/ci400534h
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发表时间：
2014-02-24
影响因子：
5.6
通讯作者：
Rizzo RC
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Allen WJ;Rizzo RC
高度对称分子的假阴性对接结果是准确评估对接程序、评分函数和方案的障碍。这项工作描述了一个实现的修正均方根偏差（RMSD）的方法到程序DOCK匈牙利算法的基础上解决的最小分配问题，动态分配原子对应的对称性分子。该算法只增加了一个微不足道的计算时间的RMSD计算，并显示出增加报告的整体对接成功率约5%时，超过1043受体配体系统进行测试。对于一些蛋白质系统家族，结果甚至更引人注目，成功率增加高达16.7%。还提出了该方法的几个其他应用，包括作为一个成对的相似性度量，以比较从头设计过程中的分子，作为一个评分函数，以排名顺序的虚拟筛选结果，并从分子动力学模拟的轨迹分析。DOCK6（）的注册用户可以使用新方法，包括源代码。
False negative docking outcomes for highly symmetric molecules are a barrier to the accurate evaluation of docking programs, scoring functions, and protocols. This work describes an implementation of a symmetry-corrected root-mean-square deviation (RMSD) method into the program DOCK based on the Hungarian algorithm for solving the minimum assignment problem, which dynamically assigns atom correspondence in molecules with symmetry. The algorithm adds only a trivial amount of computation time to the RMSD calculations and is shown to increase the reported overall docking success rate by approximately 5% when tested over 1043 receptor–ligand systems. For some families of protein systems the results are even more dramatic, with success rate increases up to 16.7%. Several additional applications of the method are also presented including as a pairwise similarity metric to compare molecules during de novo design, as a scoring function to rank-order virtual screening results, and for the analysis of trajectories from molecular dynamics simulation. The new method, including source code, is available to registered users of DOCK6 ().
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DOI：
10.1021/ci034207y
发表时间：
2004-01-01
期刊：
JOURNAL OF CHEMICAL INFORMATION AND COMPUTER SCIENCES
影响因子：
--
作者：
Bender, A;Mussa, HY;Reiling, S
通讯作者：
Reiling, S
DOI：
10.1046/j.0014-2956.2001.02721.x
发表时间：
2002-02-01
期刊：
EUROPEAN JOURNAL OF BIOCHEMISTRY
影响因子：
--
作者：
Bokma, E;Rozeboom, HJ;Beintema, JJ
通讯作者：
Beintema, JJ
RNA配体对接发现的嘌呤核糖开关的新颖配体。
影响因子：
--
作者：
Daldrop P;Reyes FE;Robinson DA;Hammond CM;Lilley DM;Batey RT;Brenk R
通讯作者：
Brenk R
影响因子：
3.7
作者：
Ellingson L;Zhang J
通讯作者：
Zhang J
DOI：
10.1021/ci0498719
发表时间：
2004-09-01
期刊：
JOURNAL OF CHEMICAL INFORMATION AND COMPUTER SCIENCES
影响因子：
--
作者：
Bender, A;Mussa, HY;Reiling, S
通讯作者：
Reiling, S