Small RNA profile in moso bamboo root and leaf obtained by high definition adapters.
Small RNA profile in moso bamboo root and leaf obtained by high definition adapters.
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DOI：
10.1371/journal.pone.0103590
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发表时间：
2014
期刊：
影响因子：
3.7
通讯作者：
Dalmay T
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Xu P;Mohorianu I;Yang L;Zhao H;Gao Z;Dalmay T
毛竹（Phyllostachy heterocycla cv.）（pubescens L.）是一种经济上重要的速生树种。为了更好地了解这一重要物种的基因表达调控，我们使用下一代测序来分析幼苗叶和根中的小RNA。由于产生小RNA的cDNA的标准试剂盒对某些小RNA有偏倚，我们使用了降低连接偏倚的高清晰度衔接子。我们鉴定并实验验证了五种新的microRNA和其他一些不是microRNA的小的非编码RNA。讨论了microRNA表达水平和microRNA靶点的生物学意义。
Moso bamboo (Phyllostachy heterocycla cv. pubescens L.) is an economically important fast-growing tree. In order to gain better understanding of gene expression regulation in this important species we used next generation sequencing to profile small RNAs in leaf and roots of young seedlings. Since standard kits to produce cDNA of small RNAs are biased for certain small RNAs, we used High Definition adapters that reduce ligation bias. We identified and experimentally validated five new microRNAs and a few other small non-coding RNAs that were not microRNAs. The biological implication of microRNA expression levels and targets of microRNAs are discussed.
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