Whole genome surveys of rice, maize and sorghum reveal multiple horizontal transfers of the LTR-retrotransposon Route66 in Poaceae.
Whole genome surveys of rice, maize and sorghum reveal multiple horizontal transfers of the LTR-retrotransposon Route66 in Poaceae.
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DOI：
10.1186/1471-2148-9-58
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发表时间：
2009-03-16
影响因子：
3.4
通讯作者：
Panaud O
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Roulin A;Piegu B;Fortune PM;Sabot F;D'Hont A;Manicacci D;Panaud O
水平转移（HT）是指遗传物质在远缘物种之间的传递。尽管迄今为止描述的大多数HT病例都与基因有关，但越来越多的证据表明，有些HT涉及真核生物中的转座因子（TE）。两个谷类物种（即水稻和高粱）的全基因组序列以及玉米的部分基因组序列的可用性为在禾本科中进行TE-HT的全基因组搜索提供了机会。我们已经鉴定了一个LTR反转录转座子，我们命名为Route 66，在水稻和高粱之间具有超过95%的序列同一性。使用计算机和分子生物学方法相结合，我们能够提出一个实质性的系统发育证据，Route 66已被转移Panicoideae和属稻属的几个物种之间的水平。此外，我们表明，它仍然活跃后，这些转让。这项研究构成了一个新的情况下，HT的LTR反转录转座子，我们坚信，这种机制可能会发挥重要作用的转座因子的生命周期。因此，我们建议整合到以前的转座因子通过水平转移的演变模型的I类元素。
Horizontal transfers (HTs) refer to the transmission of genetic material between phylogenetically distant species. Although most of the cases of HTs described so far concern genes, there is increasing evidence that some involve transposable elements (TEs) in Eukaryotes. The availability of the full genome sequence of two cereal species, (i.e. rice and Sorghum), as well as the partial genome sequence of maize, provides the opportunity to carry out genome-wide searches for TE-HTs in Poaceae. We have identified an LTR-retrotransposon, that we named Route66, with more than 95% sequence identity between rice and Sorghum. Using a combination of in silico and molecular approaches, we are able to present a substantial phylogenetic evidence that Route66 has been transferred horizontally between Panicoideae and several species of the genus Oryza. In addition, we show that it has remained active after these transfers. This study constitutes a new case of HTs for an LTR-retrotransposon and we strongly believe that this mechanism could play a major role in the life cycle of transposable elements. We therefore propose to integrate classe I elements into the previous model of transposable element evolution through horizontal transfers.
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DOI：
10.1073/pnas.93.15.7783
发表时间：
1996-07-23
影响因子：
11.1
作者：
Hirochika, H;Sugimoto, K;Kanda, M
通讯作者：
Kanda, M
影响因子：
4.1
作者：
Bouchenak-Khelladi, Yanis;Salamin, Nicolas;Hodkinson, Trevor R.
通讯作者：
Hodkinson, Trevor R.
影响因子：
3.9
作者：
Haring, E;Hagemann, S;Pinsker, W
通讯作者：
Pinsker, W
影响因子：
56.9
作者：
Davis, CC;Wurdack, KJ
通讯作者：
Wurdack, KJ
影响因子：
64.8
作者：
GRANDBASTIEN, MA;SPIELMANN, A;CABOCHE, M
通讯作者：
CABOCHE, M