A dataset of 200 structured product labels annotated for adverse drug reactions.
A dataset of 200 structured product labels annotated for adverse drug reactions.
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DOI：
10.1038/sdata.2018.1
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发表时间：
2018-01-30
期刊：
影响因子：
9.8
通讯作者：
Tonning J
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Demner-Fushman D;Shooshan SE;Rodriguez L;Aronson AR;Lang F;Rogers W;Roberts K;Tonning J
药物不良反应（ADR）是药物可能产生的非预期且有时是危险的影响，是医疗期间发病率和死亡率的主要原因之一。迄今为止，还没有已知的发展成果评估的结构化机器可读权威来源。美国食品药品监督管理局（FDA）与国家医学图书馆合作创建了一个试点数据集，其中包含有关200种FDA批准药物的已知不良反应的标准化信息。结构化产品标签（SPL）是FDA用于交换药物和其他产品信息的文件，在提及级别手动注释不良反应，以促进开发和评价用于从所有SPL中提取ADR的文本挖掘工具。然后将ADR标准化为统一医学语言系统（UMLS）和国际医学用语词典（MedDRA）。我们介绍了包含5，098个不同ADR的公开数据库SPL-ADR-200 db的管理过程和结构。该数据库可在https：//bionlp.nlm.nih.gov/tac2017adversereactions/上获得;用于准备和验证数据的代码可在https://github.com/lhncbc/fda-ars上获得。
Adverse drug reactions (ADRs), unintended and sometimes dangerous effects that a drug may have, are one of the leading causes of morbidity and mortality during medical care. To date, there is no structured machine-readable authoritative source of known ADRs. The United States Food and Drug Administration (FDA) partnered with the National Library of Medicine to create a pilot dataset containing standardised information about known adverse reactions for 200 FDA-approved drugs. The Structured Product Labels (SPLs), the documents FDA uses to exchange information about drugs and other products, were manually annotated for adverse reactions at the mention level to facilitate development and evaluation of text mining tools for extraction of ADRs from all SPLs. The ADRs were then normalised to the Unified Medical Language System (UMLS) and to the Medical Dictionary for Regulatory Activities (MedDRA). We present the curation process and the structure of the publicly available database SPL-ADR-200db containing 5,098 distinct ADRs. The database is available at https://bionlp.nlm.nih.gov/tac2017adversereactions/; the code for preparing and validating the data is available at https://github.com/lhncbc/fda-ars.
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DOI：
10.1093/database/bav016
发表时间：
2015-03-22
影响因子：
5.8
作者：
Khare, Ritu;Burger, John D.;Lu, Zhiyong
通讯作者：
Lu, Zhiyong
ADReCS：一个本体数据库，用于帮助药物不良反应术语的标准化和层次分类。
影响因子：
14.9
作者：
Cai MC;Xu Q;Pan YJ;Pan W;Ji N;Li YB;Jin HJ;Liu K;Ji ZL
通讯作者：
Ji ZL
DOI：
10.1197/jamia.m1733
发表时间：
2005-05-01
影响因子：
6.4
作者：
Hripcsak, G;Rothschild, AS
通讯作者：
Rothschild, AS
影响因子：
4.5
作者：
South BR;Mowery D;Suo Y;Leng J;Ferrández Ó;Meystre SM;Chapman WW
通讯作者：
Chapman WW
药物和副作用的SIDE数据库。
影响因子：
14.9
作者：
Kuhn M;Letunic I;Jensen LJ;Bork P
通讯作者：
Bork P