GAGE is a method for identification of plant species based on whole genome analysis and genome editing.
GAGE is a method for identification of plant species based on whole genome analysis and genome editing.
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GAGE是一种基于全基因组分析和基因组编辑的植物物种鉴定方法
DOI：
10.1038/s42003-022-03894-9
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发表时间：
2022-09-10
影响因子：
5.9
通讯作者：
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
植物的全基因组应该是物种鉴定的理想数据库，但遗憾的是在这次探索之前还没有这样的方法。在这里，我们报告了一种基于全基因组分析和基因组编辑（GAGE）的植物物种鉴定方法。 GAGE 从主题植物的整个基因组中搜索目标序列，并通过使用 CRISPR/Cas12a 系统特异性检测它们。与孟德尔选择豌豆（豌豆）的方法类似，我们选择藏红花（藏红花）来建立GAGE，在其中我们构建了包含所有候选目标序列的文库。以ITS2区域的靶序列为例，我们证实了GAGE的可行性、特异性和敏感性。因此，我们不仅成功地使用 GAGE 来识别 Cr。 sativus 及其掺假品，还对不同类别的植物（包括被子植物、裸子植物、蕨类植物和石松植物）执行 GAGE。这种灵敏、快速的方法是第一个基于全基因组的植物物种鉴定方法，为全基因组在物种鉴定中的应用提供了新的见解。
Whole genomes of plants should be ideal databases for their species identification, but unfortunately there was no such method before this exploration. Here we report a plant species identification method based on the whole Genome Analysis and Genome Editing (GAGE). GAGE searches for target sequences from the whole genome of the subject plant and specifically detects them by employing a CRISPR/Cas12a system. Similar to how Mendel chosePisum sativum(pea), we selectedCrocus sativus(saffron) to establish GAGE, in which we constructed a library containing all candidate target sequences. Taking a target sequence in the ITS2 region as an example, we confirmed the feasibility, specificity, and sensitivity of GAGE. Consequently, we succeeded in not only using GAGE to identifyCr. sativusand its adulterants, but also executing GAGE in the plants from different classes including angiosperms, gymnosperms, ferns, and lycophytes. This sensitive and rapid method is the first plant species identification method based on the whole genome and provides new insights into the application of the whole genome in species identification.
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Church, George M.
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通讯作者：
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2021-07-21
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作者：
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通讯作者：
Di Francesco, Fabio