iMotifs: an integrated sequence motif visualization and analysis environment.
iMotifs: an integrated sequence motif visualization and analysis environment.
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DOI：
10.1093/bioinformatics/btq026
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发表时间：
2010-03-15
期刊：
影响因子：
--
通讯作者：
Hubbard TJ
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Piipari M;Down TA;Saini H;Enright A;Hubbard TJ
动机：短序列基序是分子生物学中一类重要的模型，最常用于描述转录因子结合位点特异性模式。近年来，高通量的方法被用于检测体内和体外的调节因子结合位点，因此高质量的结合位点基序数据可用于越来越多的生物体和调节因子。因此，开发用于研究序列基序的直观工具是很重要的。iMotifs是一个图形基序分析环境，允许可视化注释序列基序和得分基序命中序列。它还提供了敏感的NestedMICA算法基序推理，以及过度表示和成对基序匹配能力。提供的所有分析功能都不需要在文件格式之间进行转换或学习不同的命令行接口。该应用程序包括一个捆绑和图形集成版本的NestedMICA motif推理套件，没有外部依赖。因此避免了与软件本地部署相关的问题。可用性：iMotifs使用GNU较宽松通用公共许可证v2.0 （LGPL 2.0）进行许可。该软件及其源代码可在http://wiki.github.com/mz2/imotifs上获得，可以在Mac OS X Leopard （Intel/PowerPC）上运行。我们还为Perl， Ruby， R和Objective-C编程语言提供跨平台（Linux, OS X, Windows） LGPL 2.0许可库libxms，用于输入和输出XMS格式的注释序列motif集文件。联系人:matias.piipari@gmail.com;imotifs@googlegroups.com
Motivation: Short sequence motifs are an important class of models in molecular biology, used most commonly for describing transcription factor binding site specificity patterns. High-throughput methods have been recently developed for detecting regulatory factor binding sites in vivo and in vitro and consequently high-quality binding site motif data are becoming available for increasing number of organisms and regulatory factors. Development of intuitive tools for the study of sequence motifs is therefore important. iMotifs is a graphical motif analysis environment that allows visualization of annotated sequence motifs and scored motif hits in sequences. It also offers motif inference with the sensitive NestedMICA algorithm, as well as overrepresentation and pairwise motif matching capabilities. All of the analysis functionality is provided without the need to convert between file formats or learn different command line interfaces. The application includes a bundled and graphically integrated version of the NestedMICA motif inference suite that has no outside dependencies. Problems associated with local deployment of software are therefore avoided. Availability: iMotifs is licensed with the GNU Lesser General Public License v2.0 (LGPL 2.0). The software and its source is available at http://wiki.github.com/mz2/imotifs and can be run on Mac OS X Leopard (Intel/PowerPC). We also provide a cross-platform (Linux, OS X, Windows) LGPL 2.0 licensed library libxms for the Perl, Ruby, R and Objective-C programming languages for input and output of XMS formatted annotated sequence motif set files. Contact: matias.piipari@gmail.com; imotifs@googlegroups.com
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