Systematic prediction of human membrane receptor interactions.
Systematic prediction of human membrane receptor interactions.
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DOI：
10.1002/pmic.200900259
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发表时间：
2009-12
期刊：
影响因子：
3.4
通讯作者：
Klein-Seetharaman, Judith
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Qi, Yanjun;Dhiman, Harpreet K.;Bhola, Neil;Budyak, Ivan;Kar, Siddhartha;Man, David;Dutta, Arpana;Tirupula, Kalyan;Carr, Brian I.;Grandis, Jennifer;Bar-Joseph, Ziv;Klein-Seetharaman, Judith
关键词：
膜受体激活的信号转导通路是人类细胞功能和疾病机制的组成部分。通过高通量实验手段鉴定与膜受体相互作用的全套蛋白质是困难的，因为直接鉴定蛋白质相互作用的方法在很大程度上不适用于膜蛋白。与之前试图预测全球人类相互作用组的方法不同，我们使用的计算策略仅专注于发现人类膜受体的相互作用伙伴，从而改善了这些蛋白质的结果。我们预测特定的相互作用的基础上，包含高度翔实的直接和间接证据的生物学数据的统计整合，以及来自专家的反馈。预测的膜受体相互作用组提供了一个系统范围的观点，并产生新的生物学假说膜受体和其他蛋白质之间的相互作用。我们已经通过实验验证了其中的一些相互作用。结果表明，系统集成计算预测，全局分析，生物实验和专家反馈的框架是一个可行的策略来研究人类膜受体相互作用组。
Membrane receptor-activated signal transduction pathways are integral to cellular functions and disease mechanisms in humans. Identification of the full set of proteins interacting with membrane receptors by high throughput experimental means is difficult because methods to directly identify protein interactions are largely not applicable to membrane proteins. Unlike prior approaches that attempted to predict the global human interactome we used a computational strategy that only focused on discovering the interacting partners of human membrane receptors leading to improved results for these proteins. We predict specific interactions based on statistical integration of biological data containing highly informative direct and indirect evidences together with feedback from experts. The predicted membrane receptor interactome provides a system-wide view, and generates new biological hypotheses regarding interactions between membrane receptors and other proteins. We have experimentally validated a number of these interactions. The results suggest that a framework of systematically integrating computational predictions, global analyses, biological experimentation and expert feedback is a feasible strategy to study the human membrane receptor interactome.
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突变动力蛋白的诱导特异性阻断内吞涂层囊泡的形成。
影响因子：
7.8
作者：
Damke, H;Baba, T;Warnock, D E;Schmid, S L
通讯作者：
Schmid, S L
影响因子：
9.9
作者：
Ramani, Arun K.;Li, Zhihua;Hart, G. Traver;Carlson, Mark W.;Boutz, Daniel R.;Marcotte, Edward M.
通讯作者：
Marcotte, Edward M.
影响因子：
5.8
作者：
Futschik, Matthias E.;Chaurasia, Gautam;Herzel, Hanspeter
通讯作者：
Herzel, Hanspeter
影响因子：
46.9
作者：
Lage, Kasper;Karlberg, E. Olof;Brunak, Soren
通讯作者：
Brunak, Soren
DOI：
10.1126/stke.2003.187.re9
发表时间：
2003-06-17
期刊：
Science's STKE : signal transduction knowledge environment
影响因子：
--
作者：
Ben-Shlomo, Izhar;Yu Hsu, Sheau;Hsueh, Aaron J W
通讯作者：
Hsueh, Aaron J W