Identification of susceptibility loci for nonsyndromic cleft lip with or without cleft palate in a two stage genome scan of affected sib-pairs
Identification of susceptibility loci for nonsyndromic cleft lip with or without cleft palate in a two stage genome scan of affected sib-pairs
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在受影响同胞对的两阶段基因组扫描中鉴定伴有或不伴有腭裂的非综合征性唇裂的易感位点
DOI：
10.1007/s004390000239
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发表时间：
2000
期刊：
影响因子：
5.3
通讯作者：
S. Malcolm
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
N. Prescott;M. Lees;R. Winter;S. Malcolm
抽象的。伴有或不伴有腭裂的非综合征性唇裂 (CL/P) 是一种多基因起源的复杂疾病，涉及 2 到 10 个基因座。 CL/P 的连锁和关联研究涉及许多候选基因和区域，但往往难以复制。在这里，我们报告了对 92 个受影响的同胞对进行两阶段全基因组扫描的结果，以确定 CL/P 的易感位点。使用初始组 400 个微卫星标记，整个基因组的平均间距为 10 cM。发现 8 条染色体上的 11 个区域的 P 值小于 0.05。然后用第二组标记进一步对这 8 条染色体进行定位，将平均图谱密度增加到 5 cM。在密集绘制的十一个区域中的七个中，通过减小标记间隔显着增加了显着性。在1p（NPL=2.35，P=0.009，MLS=1.51）、2p（NPL=1.77，P=0.04，MLS=0.66）、6p（NPL=2.35，P=0.009，MLS=1.34）、8q（NPL=2.15，P=0.015， MLS=1.51) 11cen (NPL=2.70, P=0.003, MLS=2.10), 12q (NPL=2.08, P=0.02, MLS=1.5), 16p (NPL=2.1, P=0.018, MLS=0.97) 和 Xcen-q (NPL=2.40, P=0.008, MLS=2.68）。尽管没有一个达到显着易感位点所需的水平，但其中两个区域先前已与 CL/P 相关，即。 2p13，含有 TGFA 基因的区域，以及 6p23-24。我们还证明了与 X 染色体上非综合征性断裂易感位点的高度暗示性联系。目前正在进行进一步的研究，以在更多受影响的同胞对中复制这些发现。
Abstract. Nonsyndromic cleft lip with or without cleft palate (CL/P) is a complex disorder of multigenic origin involving between two and ten loci. Linkage and association studies of CL/P have implicated a number of candidate genes and regions but have often proved difficult to replicate. Here, we report the findings from a two-stage genome-wide scan of 92 affected sib-pairs to identify susceptibility loci to CL/P. An initial set of 400 microsatellite markers was used, with an average spacing of 10 cM throughout the genome. Eleven regions on eight chromosomes were found to have a P-value smaller than 0.05. These eight chromosomes were then further mapped with a second set of markers to increase the average map density to 5 cM. In seven out of eleven areas densely mapped, significance was markedly increased by decreasing the marker interval. Excessive allele sharing was found at 1p (NPL=2.35, P=0.009, MLS=1.51), 2p (NPL=1.77, P=0.04, MLS=0.66), 6p (NPL=2.35, P=0.009, MLS=1.34), 8q (NPL=2.15, P=0.015, MLS=1.51) 11cen (NPL=2.70, P=0.003, MLS=2.10), 12q (NPL=2.08, P=0.02, MLS=1.5), 16p (NPL=2.1, P=0.018, MLS=0.97) and Xcen-q (NPL=2.40, P=0.008, MLS=2.68). Although none reached the level required for significant susceptibility loci, two of these areas have previously been implicated in CL/P, viz. 2p13, an area harbouring the TGFA gene, and 6p23–24. We also demonstrate highly suggestive linkage to a susceptibility locus for nonsyndromic clefting on the X chromosome. Further studies are currently underway to replicate these findings in a larger cohort of affected sib-pairs.
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非综合征性唇裂和腭裂的复杂分离分析。
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Hecht,JT;Yang,P;Michels,VV;Buetow,KH
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作者：
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通讯作者：
L. Kruglyak;E. Lander
对菲律宾唇裂和腭裂病因中候选基因 TGFB2、MSX1、TGFA 和 TGFB3 的研究。
DOI：
10.1597/1545-1569_1997_034_0001_sotcgt_2.3.co_2
发表时间：
1997
期刊：
The Cleft palate-craniofacial journal : official publication of the American Cleft Palate-Craniofacial Association
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--
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Lidral,AC;Murray,JC;Buetow,KH;Basart,AM;Schearer,H;Shiang,R;Naval,A;Layda,E;Magee,K;Magee,W
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通讯作者：
Risch,N
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Ardinger,HH;Buetow,KH;Bell,GI;Bardach,J;VanDemark,DR;Murray,JC
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Murray,JC