Multiscale reaction-diffusion simulations with Smoldyn.
Multiscale reaction-diffusion simulations with Smoldyn.
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DOI：
10.1093/bioinformatics/btv149
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发表时间：
2015-07-15
期刊：
影响因子：
--
通讯作者：
Erban R
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Robinson M;Andrews SS;Erban R
Smoldyn是一个用于空间生化网络和细胞内系统随机建模的软件包。它最初是以一个精确的基于非晶格粒子的模型为核心开发的。最近，这一点得到了增强，增加了一个计算效率高的晶格模型，它可以独立运行或耦合在一起，在最需要的区域使用两个模型进行多尺度模拟，增加了Smoldyn对更大分子数量和空间域的适用性。模拟可以在模型之间切换，只需对其配置文件进行少量添加，使用户能够使用现有的Smoldyn配置文件运行新的晶格模型，其中包含他们可能已经拥有的任何反应，物种或表面描述。可用性和实现：源代码和二进制文件可在www.smoldyn.org免费下载，用C/C++实现，并在Linux、Mac OSX和MS Windows上得到支持。联系人：martin.罗宾逊maths.ox.ac.uk补充信息：补充数据可在Bioinformatics在线获得，包括关于模型规格和表面建模的更多详细信息，以及用于生成图1的Smoldyn配置文件。
Summary: Smoldyn is a software package for stochastic modelling of spatial biochemical networks and intracellular systems. It was originally developed with an accurate off-lattice particle-based model at its core. This has recently been enhanced with the addition of a computationally efficient on-lattice model, which can be run stand-alone or coupled together for multiscale simulations using both models in regions where they are most required, increasing the applicability of Smoldyn to larger molecule numbers and spatial domains. Simulations can switch between models with only small additions to their configuration file, enabling users with existing Smoldyn configuration files to run the new on-lattice model with any reaction, species or surface descriptions they might already have. Availability and Implementation: Source code and binaries freely available for download at www.smoldyn.org, implemented in C/C++ and supported on Linux, Mac OSX and MS Windows. Contact: martin.robinson@maths.ox.ac.uk Supplementary Information: Supplementary data are available at Bioinformatics online and include additional details on model specification and modelling of surfaces, as well as the Smoldyn configuration file used to generate Figure 1.
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影响因子：
2
作者：
Andrews, SS;Bray, D
通讯作者：
Bray, D
DOI：
10.1007/978-1-61779-361-5_26
发表时间：
2012-01-01
期刊：
BACTERIAL MOLECULAR NETWORKS: METHODS AND PROTOCOLS
影响因子：
--
作者：
Andrews, Steven S.
通讯作者：
Andrews, Steven S.
影响因子：
3.5
作者：
Erban, Radek;Flegg, Mark B.;Papoian, Garegin A.
通讯作者：
Papoian, Garegin A.
影响因子：
5.8
作者：
Klann, Michael;Ganguly, Arnab;Koeppl, Heinz
通讯作者：
Koeppl, Heinz
影响因子：
4.3
作者：
Fange D;Elf J
通讯作者：
Elf J