A high-level 3D visualization API for Java and ImageJ.
A high-level 3D visualization API for Java and ImageJ.
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DOI：
10.1186/1471-2105-11-274
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发表时间：
2010-05-21
影响因子：
3
通讯作者：
Heisenberg M
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Schmid B;Schindelin J;Cardona A;Longair M;Heisenberg M
目前的成像方法如磁共振成像(MRI)、共聚焦显微镜、电子显微镜(EM)或选择性平面照明显微镜(SPIM)产生的三维(3D)数据集需要适当的计算方法来进行分析。重建、分割和配准最好从数据集的3D表示开始。在这里，我们提出了一个基于Java和Java 3D的平台无关的框架来加速生物图像的渲染。我们的框架无缝集成到ImageJ中，ImageJ是一个免费的图像处理包，其中包含大量社区开发的生物图像分析工具。我们的框架丰富了ImageJ软件库，这些方法可以极大地降低在交互式3D可视化环境中开发图像分析工具的复杂性。特别是，我们提供了对体绘制、体编辑、表面提取和图像注释的高级访问。依赖于删除低层细节的库的能力使软件开发工作能够集中在算法实现部分。我们的框架使生物医学图像软件开发具有3D可视化功能，只需很少的工作。我们在http://3dviewer.neurofly.de.上提供了源代码和方便的二进制程序包以及广泛的文档
Current imaging methods such as Magnetic Resonance Imaging (MRI), Confocal microscopy, Electron Microscopy (EM) or Selective Plane Illumination Microscopy (SPIM) yield three-dimensional (3D) data sets in need of appropriate computational methods for their analysis. The reconstruction, segmentation and registration are best approached from the 3D representation of the data set. Here we present a platform-independent framework based on Java and Java 3D for accelerated rendering of biological images. Our framework is seamlessly integrated into ImageJ, a free image processing package with a vast collection of community-developed biological image analysis tools. Our framework enriches the ImageJ software libraries with methods that greatly reduce the complexity of developing image analysis tools in an interactive 3D visualization environment. In particular, we provide high-level access to volume rendering, volume editing, surface extraction, and image annotation. The ability to rely on a library that removes the low-level details enables concentrating software development efforts on the algorithm implementation parts. Our framework enables biomedical image software development to be built with 3D visualization capabilities with very little effort. We offer the source code and convenient binary packages along with extensive documentation at http://3dviewer.neurofly.de.
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影响因子：
3
作者：
Messaoudil, Cedric;Boudier, Thomas;Oscar Sanchez Sorzano, Carlos;Marco, Sergio
通讯作者：
Marco, Sergio
影响因子：
3
作者：
Pettersen, EF;Goddard, TD;Ferrin, TE
通讯作者：
Ferrin, TE
DOI：
10.1152/ajpcell.2002.282.1.c213
发表时间：
2002-01-01
影响因子：
5.5
作者：
Clendenon, JL;Phillips, CL;Dunn, KW
通讯作者：
Dunn, KW
DOI：
10.1364/josaa.4.000629
发表时间：
1987-04-01
影响因子：
1.9
作者：
HORN, BKP
通讯作者：
HORN, BKP