TomoJ: tomography software for three-dimensional reconstruction in transmission electron microscopy.
TomoJ: tomography software for three-dimensional reconstruction in transmission electron microscopy.
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DOI：
10.1186/1471-2105-8-288
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发表时间：
2007-08-06
影响因子：
3
通讯作者：
Marco, Sergio
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Messaoudil, Cedric;Boudier, Thomas;Oscar Sanchez Sorzano, Carlos;Marco, Sergio
透射式电子断层扫描是一种越来越常见的三维电子显微镜方法，它可以为亚细胞组件的结构提供新的见解。透射式电子断层成像填补了高分辨率结构方法(X射线衍射或核磁共振)和光学显微镜之间的空白。我们开发了新的透射式电子断层扫描软件TomoJ。TomoJ是现在标准的光学显微镜图像分析和处理软件ImageJ的插件。TomoJ提供了一个用户友好的界面，用于对齐、重建和组合多个断层扫描体积，并包括用于三维电子显微镜的最新体积重建算法(代数重建技术和同时迭代重建技术)以及常用的加权反投影方法。本文介绍的软件是专门为电子层析成像而设计的。它是用Java编写的ImageJ插件，并以免费软件的形式分发。
Transmission electron tomography is an increasingly common three-dimensional electron microscopy approach that can provide new insights into the structure of subcellular components. Transmission electron tomography fills the gap between high resolution structural methods (X-ray diffraction or nuclear magnetic resonance) and optical microscopy. We developed new software for transmission electron tomography, TomoJ. TomoJ is a plug-in for the now standard image analysis and processing software for optical microscopy, ImageJ. TomoJ provides a user-friendly interface for alignment, reconstruction, and combination of multiple tomographic volumes and includes the most recent algorithms for volume reconstructions used in three-dimensional electron microscopy (the algebraic reconstruction technique and simultaneous iterative reconstruction technique) as well as the commonly used approach of weighted back-projection. The software presented in this work is specifically designed for electron tomography. It has been written in Java as a plug-in for ImageJ and is distributed as freeware.
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