MetaboAnalystR: an R package for flexible and reproducible analysis of metabolomics data.
MetaboAnalystR: an R package for flexible and reproducible analysis of metabolomics data.
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DOI：
10.1093/bioinformatics/bty528
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发表时间：
2018-12-15
期刊：
影响因子：
--
通讯作者：
Xia J
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Chong J;Xia J
MetaboAnalyst Web应用程序已广泛用于代谢组学数据分析和解释。尽管其用户友好性，网络界面在创建定制工作流程的灵活性、对可重复分析的支持以及处理大量数据的能力方面存在固有的局限性（特别是对高级用户而言）。为了解决这些限制，我们开发了一个配套的R包（MetaboAnalystR），基于Web服务器的R代码库。该包已经过全面测试，以确保相同的R命令将从两个接口产生相同的结果。MetaboAnalystR补充了MetaboAnalyst网络服务器，以促进代谢组学数据的透明，灵活和可重现的分析。MetaboAnalystR可从https://github.com/xia-lab/MetaboAnalystR免费获得。
The MetaboAnalyst web application has been widely used for metabolomics data analysis and interpretation. Despite its user-friendliness, the web interface has presented its inherent limitations (especially for advanced users) with regard to flexibility in creating customized workflow, support for reproducible analysis, and capacity in dealing with large data. To address these limitations, we have developed a companion R package (MetaboAnalystR) based on the R code base of the web server. The package has been thoroughly tested to ensure that the same R commands will produce identical results from both interfaces. MetaboAnalystR complements the MetaboAnalyst web server to facilitate transparent, flexible and reproducible analysis of metabolomics data. MetaboAnalystR is freely available from https://github.com/xia-lab/MetaboAnalystR.
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影响因子：
48
作者：
Huan T;Forsberg EM;Rinehart D;Johnson CH;Ivanisevic J;Benton HP;Fang M;Aisporna A;Hilmers B;Poole FL;Thorgersen MP;Adams MWW;Krantz G;Fields MW;Robbins PD;Niedernhofer LJ;Ideker T;Majumder EL;Wall JD;Rattray NJW;Goodacre R;Lairson LL;Siuzdak G
通讯作者：
Siuzdak G
影响因子：
9.2
作者：
Davidson RL;Weber RJ;Liu H;Sharma-Oates A;Viant MR
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Viant MR
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Kuhn, Max
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作者：
Li S;Park Y;Duraisingham S;Strobel FH;Khan N;Soltow QA;Jones DP;Pulendran B
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Pulendran B
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作者：
Chong J;Soufan O;Li C;Caraus I;Li S;Bourque G;Wishart DS;Xia J
通讯作者：
Xia J