Providing open imaging data at scale: An EMBL-EBI perspective.
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DOI：
10.1007/s00418-023-02216-2
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发表时间：
2023-09
影响因子：
2.3
通讯作者：
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
生物成像是我们了解从原子到生物体等各种尺度的生命系统的主要工具之一。成像技术的快速进步提高了我们检查这些系统的空间和时间分辨率，并使更大组织体积的可视化成为可能。这些进展具有巨大的潜力，但也产生了越来越多的成像数据，必须存储和分析。公共图像储存库通过开放数据提供、支持科学结果的再现性、获取参考成像数据集和为新的科学发现重新使用数据以及加速图像分析方法的开发，提供关键的科学服务。影像数据的规模和范围为开放共享影像数据提供了挑战和机遇。在这篇文章中，我们提供了一个受几十年来为生物信息提供开放数据资源的影响的视角，建议了需要重点关注的领域和实现全球互操作性的途径。
Biological imaging is one of the primary tools by which we understand living systems across scales from atoms to organisms. Rapid advances in imaging technology have increased both the spatial and temporal resolutions at which we examine those systems, as well as enabling visualisation of larger tissue volumes. These advances have huge potential but also generate ever increasing amounts of imaging data that must be stored and analysed. Public image repositories provide a critical scientific service through open data provision, supporting reproducibility of scientific results, access to reference imaging datasets and reuse of data for new scientific discovery and acceleration of image analysis methods development. The scale and scope of imaging data provides both challenges and opportunities for open sharing of image data. In this article, we provide a perspective influenced by decades of provision of open data resources for biological information, suggesting areas to focus on and a path towards global interoperability.
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DOI：
10.1083/jcb.201004104
发表时间：
2010-05-31
期刊：
The Journal of cell biology
影响因子：
--
作者：
Linkert M;Rueden CT;Allan C;Burel JM;Moore W;Patterson A;Loranger B;Moore J;Neves C;Macdonald D;Tarkowska A;Sticco C;Hill E;Rossner M;Eliceiri KW;Swedlow JR
通讯作者：
Swedlow JR
影响因子：
64.8
作者：
Jumper J;Evans R;Pritzel A;Green T;Figurnov M;Ronneberger O;Tunyasuvunakool K;Bates R;Žídek A;Potapenko A;Bridgland A;Meyer C;Kohl SAA;Ballard AJ;Cowie A;Romera-Paredes B;Nikolov S;Jain R;Adler J;Back T;Petersen S;Reiman D;Clancy E;Zielinski M;Steinegger M;Pacholska M;Berghammer T;Bodenstein S;Silver D;Vinyals O;Senior AW;Kavukcuoglu K;Kohli P;Hassabis D
通讯作者：
Hassabis D
影响因子：
14.9
作者：
wwPDB consortium
通讯作者：
wwPDB consortium
影响因子：
14.9
作者：
Courtot M;Gupta D;Liyanage I;Xu F;Burdett T
通讯作者：
Burdett T
影响因子：
48
作者：
Ellenberg J;Swedlow JR;Barlow M;Cook CE;Sarkans U;Patwardhan A;Brazma A;Birney E
通讯作者：
Birney E