Four small puzzles that Rosetta doesn't solve.
Four small puzzles that Rosetta doesn't solve.
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DOI：
10.1371/journal.pone.0020044
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发表时间：
2011
期刊：
影响因子：
3.7
通讯作者：
Das R
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Das R
完整的大分子建模包必须能够解决最简单的结构预测问题，尽管在高分辨率结构建模和设计方面取得了成功，但Rosetta软件套件在小蛋白质和RNA难题上的票价很差，其中有些小于四个还原问题，该手稿为四个定义明确的测试案例提供了Rosetta结果：20个残留的迷你蛋白TRP笼子，甚至更小的二硫化物稳定丝氨酸蛋白酶抑制剂的反应性环和UUCG RNA四边形与先前的Rosetta研究相反，几条证据表明，构象采样不是建模这些小型系统的主要瓶颈。 Rosetta全原子函数目前排除了在原子分辨率下从头开始的实验性观察的会议。希望为这个强大的建模套件做出基础改进的开发人员的有用模型系统。
A complete macromolecule modeling package must be able to solve the simplest structure prediction problems. Despite recent successes in high resolution structure modeling and design, the Rosetta software suite fares poorly on small protein and RNA puzzles, some as small as four residues. To illustrate these problems, this manuscript presents Rosetta results for four well-defined test cases: the 20-residue mini-protein Trp cage, an even smaller disulfide-stabilized conotoxin, the reactive loop of a serine protease inhibitor, and a UUCG RNA tetraloop. In contrast to previous Rosetta studies, several lines of evidence indicate that conformational sampling is not the major bottleneck in modeling these small systems. Instead, approximations and omissions in the Rosetta all-atom energy function currently preclude discriminating experimentally observed conformations from de novo models at atomic resolution. These molecular “puzzles” should serve as useful model systems for developers wishing to make foundational improvements to this powerful modeling suite.
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Pande, Vijay S.
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通讯作者：
Baliga, Nitin S.
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作者：
Das, Rhiju;Bin Qian;Baker, David
通讯作者：
Baker, David
DOI：
10.1073/pnas.0913638107
发表时间：
2010-03-16
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Herschlag, Daniel
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