Isolation of nuclei from frozen human subcutaneous adipose tissue for full-length single-nuclei transcriptional profiling.
Isolation of nuclei from frozen human subcutaneous adipose tissue for full-length single-nuclei transcriptional profiling.
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DOI：
10.1016/j.xpro.2023.102054
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发表时间：
2023-03-17
期刊：
影响因子：
--
通讯作者：
Sparks, Lauren M.
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Whytock, Katie L.;Divoux, Adeline;Sun, Yifei;Hopf, Meghan;Yeo, Reichelle X.;Pino, Maria F.;Yu, Gongxin;Smith, Steven R.;Walsh, Martin J.;Sparks, Lauren M.
由于脂肪细胞富含脂质，自动单细胞分配与白色脂肪组织 (WAT) 不相容。单核 RNA-Seq 可以对 WAT 中的所有细胞进行转录分析。与啮齿动物组织相比，由于细胞外基质含量更高和脂滴更大，人类 WAT 在分离细胞核方面面临着独特的技术挑战。在本协议中，我们详细介绍了如何从冷冻皮下人类 WAT 中分离细胞核以进行单核 RNA 测序。有关该协议的生成和使用的完整信息，请参阅 Whytock 等人。 （2022）。从冷冻人白色脂肪组织中分离细胞核的方案 使用 ICELL8 平台优化单核分配的参数 细胞核适用于基于全长测序的技术 出版商注：进行任何实验方案都需要遵守当地实验室安全和道德机构指南。由于脂肪细胞富含脂质，自动单细胞分配与白色脂肪组织 (WAT) 不相容。单核 RNA-Seq 可以对 WAT 中的所有细胞进行转录分析。与啮齿动物组织相比，由于细胞外基质含量更高和脂滴更大，人类 WAT 在分离细胞核方面面临着独特的技术挑战。在本协议中，我们详细介绍了如何从冷冻皮下人类 WAT 中分离细胞核以进行单核 RNA 测序。
Automated single-cell dispensing is incompatible with white adipose tissue (WAT) due to lipid-laden adipocytes. Single-nuclei RNA-Seq permits transcriptional profiling of all cells from WAT. Human WAT faces unique technical challenges in isolating nuclei compared to rodent tissue due to greater extra-cellular matrix content and larger lipid droplets. In this protocol, we detail how to isolate nuclei from frozen subcutaneous human WAT for single-nuclei RNA-Seq. For complete information on the generation and use of this protocol, please refer to Whytock et al. (2022). Protocol for isolating nuclei from frozen human white adipose tissue Optimized parameters for single-nuclei dispense using ICELL8 platform Nuclei are suitable for full-length sequencing-based technologies Publisher’s note: Undertaking any experimental protocol requires adherence to local institutional guidelines for laboratory safety and ethics. Automated single-cell dispensing is incompatible with white adipose tissue (WAT) due to lipid-laden adipocytes. Single-nuclei RNA-Seq permits transcriptional profiling of all cells from WAT. Human WAT faces unique technical challenges in isolating nuclei compared to rodent tissue due to greater extra-cellular matrix content and larger lipid droplets. In this protocol, we detail how to isolate nuclei from frozen subcutaneous human WAT for single-nuclei RNA-Seq.
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作者：
Cao, Junyue;Spielmann, Malte;Shendure, Jay
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Shendure, Jay
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Levine JH;Simonds EF;Bendall SC;Davis KL;Amir el-AD;Tadmor MD;Litvin O;Fienberg HG;Jager A;Zunder ER;Finck R;Gedman AL;Radtke I;Downing JR;Pe'er D;Nolan GP
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La Manno G;Soldatov R;Zeisel A;Braun E;Hochgerner H;Petukhov V;Lidschreiber K;Kastriti ME;Lönnerberg P;Furlan A;Fan J;Borm LE;Liu Z;van Bruggen D;Guo J;He X;Barker R;Sundström E;Castelo-Branco G;Cramer P;Adameyko I;Linnarsson S;Kharchenko PV
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Kharchenko PV
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