Isolation of nuclei from mouse white adipose tissues for single-nucleus genomics.
Isolation of nuclei from mouse white adipose tissues for single-nucleus genomics.
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DOI：
10.1016/j.xpro.2021.100612
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发表时间：
2021-09-17
期刊：
影响因子：
--
通讯作者：
Mandrup S
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Van Hauwaert EL;Gammelmark E;Sárvári AK;Larsen L;Nielsen R;Madsen JGS;Mandrup S
脂质填充的脂肪细胞与基于液滴的单细胞方法（例如基于10x Genomics的技术）不相容，因此将基于液滴的脂肪组织单细胞分析限制于基质血管部分。为了克服这一限制，并获得细胞和分子的脂肪组织组成和可塑性的见解，单核测序为基础的技术可以应用。在这里，我们提供了一个优化的协议，从小鼠脂肪组织细胞核分离适合单核RNA测序。这允许以单细胞分辨率对整个脂肪组织进行转录组学分析。有关本方案使用的完整详细信息，请参阅。优化的方案允许从所有脂肪组织细胞类型中分离细胞核高质量的细胞核可以从新鲜或速冻的脂肪组织中分离细胞核适用于基于单核测序的技术该方案能够以单核分辨率进行脂肪组织表征充满脂质的脂肪细胞与基于液滴的单细胞方法不兼容，例如基于10x基因组学的技术，因此将基于液滴的脂肪组织单细胞分析限制在基质血管部分。为了克服这一限制，并获得细胞和分子的脂肪组织组成和可塑性的见解，单核测序为基础的技术可以应用。在这里，我们提供了一个优化的协议，从小鼠脂肪组织细胞核分离适合单核RNA测序。这允许以单细胞分辨率对整个脂肪组织进行转录组学分析。
Lipid-filled adipocytes are incompatible with droplet-based single-cell methods, such as 10x Genomics-based technology, thus restricting droplet-based single-cell analyses of adipose tissues to the stromal vascular fraction. To overcome this limitation and obtain cellular and molecular insight into adipose tissue composition and plasticity, single-nucleus sequencing-based technologies can be applied. Here, we provide an optimized protocol for nuclei isolation from mouse adipose tissues suitable for single-nucleus RNA sequencing. This allows for transcriptomic profiling of the entire adipose tissue at single-cell resolution. For complete details on the use of this protocol, please refer to. Optimized protocol allows isolation of nuclei from all adipose tissue cell types High-quality nuclei can be isolated from fresh or snap-frozen adipose tissues Nuclei are suitable for single-nucleus sequencing-based technologies The protocol enables adipose tissue characterization at single-nucleus resolution Lipid-filled adipocytes are incompatible with droplet-based single-cell methods, such as 10x Genomics-based technology, thus restricting droplet-based single-cell analyses of adipose tissues to the stromal vascular fraction. To overcome this limitation and obtain cellular and molecular insight into adipose tissue composition and plasticity, single-nucleus sequencing-based technologies can be applied. Here, we provide an optimized protocol for nuclei isolation from mouse adipose tissues suitable for single-nucleus RNA sequencing. This allows for transcriptomic profiling of the entire adipose tissue at single-cell resolution.
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影响因子：
29
作者：
Sarvari, Anitta Kinga;Van Hauwaert, Elvira Laila;Mandrup, Susanne
通讯作者：
Mandrup, Susanne
影响因子：
12.3
作者：
Denisenko, Elena;Guo, Belinda B.;Forrest, Alistair R. R.
通讯作者：
Forrest, Alistair R. R.
影响因子：
64.5
作者：
Stuart, Tim;Butler, Andrew;Satija, Rahul
通讯作者：
Satija, Rahul
影响因子：
64.8
作者：
Sun, Wenfei;Dong, Hua;Wolfrum, Christian
通讯作者：
Wolfrum, Christian
PPARγ和全球脂肪形成及其他图。
DOI：
10.1016/j.tem.2014.04.001
发表时间：
2014-06
期刊：
Trends in endocrinology and metabolism: TEM
影响因子：
--
作者：
Lefterova MI;Haakonsson AK;Lazar MA;Mandrup S
通讯作者：
Mandrup S