N6-Methyladenine DNA modification in Xanthomonas oryzae pv. oryzicola genome.
N6-Methyladenine DNA modification in Xanthomonas oryzae pv. oryzicola genome.
复制标题
米黄单胞菌 (Xanthomonas oryzae pv.) 中的 N6-甲基腺嘌呤 DNA 修饰。
DOI：
10.1038/s41598-018-34559-5
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发表时间：
2018-11-02
影响因子：
4.6
通讯作者：
Luo F
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Xiao CL;Xie SQ;Xie QB;Liu ZY;Xing JF;Ji KK;Tao J;Dai LY;Luo F
DNA N6-甲基腺嘌呤（6 mA）修饰扩大了DNA的信息容量，并且早已知道存在于细菌基因组中。水稻白水稻细菌性条斑病是一种世界性的毁灭性水稻病害。然而，Xoc中6 mA的全基因组分布模式和潜在功能在很大程度上是未知的。本研究分析了7个Xoc菌株（BLS 256、BLS 279、CFBP 2286、CFBP 7331、CFBP 7341、L 8和RS 105）基因组DNA中6 mA修饰的水平和总体分布模式。发现6 mA修饰广泛分布在7个Xoc基因组中，分别占BLS 256、BLS 279、CFBP 2286、CFBP 7331、CFBP 7341、L 8和RS 105中总腺嘌呤的3.80%、3.10%、3.70%、4.20%、3.40%、2.10%和3.10%。值得注意的是，超过82%的6 mA位点位于所有7个菌株的基因体内。6 mA修饰的两个特定基序ARGT和AVCG在所有7种菌株中普遍存在。比较7个菌株的DNA甲基化基序，发现Xoc具有特异的DNA甲基化系统。此外，在Xoc感染期间，rpfC的6 mA修饰显著降低，表明Xoc适应环境的重要作用。
DNA N6-methyladenine (6mA) modifications expand the information capacity of DNA and have long been known to exist in bacterial genomes. Xanthomonas oryzae pv. Oryzicola (Xoc) is the causative agent of bacterial leaf streak, an emerging and destructive disease in rice worldwide. However, the genome-wide distribution patterns and potential functions of 6mA in Xoc are largely unknown. In this study, we analyzed the levels and global distribution patterns of 6mA modification in genomic DNA of seven Xoc strains (BLS256, BLS279, CFBP2286, CFBP7331, CFBP7341, L8 and RS105). The 6mA modification was found to be widely distributed across the seven Xoc genomes, accounting for percent of 3.80, 3.10, 3.70, 4.20, 3.40, 2.10, and 3.10 of the total adenines in BLS256, BLS279, CFBP2286, CFBP7331, CFBP7341, L8, and RS105, respectively. Notably, more than 82% of 6mA sites were located within gene bodies in all seven strains. Two specific motifs for 6 mA modification, ARGT and AVCG, were prevalent in all seven strains. Comparison of putative DNA methylation motifs from the seven strains reveals that Xoc have a specific DNA methylation system. Furthermore, the 6 mA modification of rpfC dramatically decreased during Xoc infection indicates the important role for Xoc adaption to environment.
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