Direct detection of methylation in genomic DNA.
Direct detection of methylation in genomic DNA.
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DOI：
10.1093/nar/gni121
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发表时间：
2005-08-09
影响因子：
14.9
通讯作者：
van der Ende A
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Bart A;van Passel MW;van Amsterdam K;van der Ende A
细菌基因组DNA甲基化位点的鉴定将为研究DNA甲基化在原核生物中的主要作用：自我和非自我DNA的区分、复制后错配修复的方向、DNA复制和细胞周期的控制以及基因表达的调控提供有用的工具。已知有三种类型的甲基化核碱基：n6 -甲基腺嘌呤、5-甲基胞嘧啶和n4 -甲基胞嘧啶。本研究的目的是开发一种在完整基因组DNA中检测所有三种类型DNA甲基化的方法。先前的研究表明，通过甲基化和未甲基化DNA的序列间痕量比较，可以检测到质粒和病毒DNA中的n6 -甲基腺嘌呤和5-甲基胞嘧啶。我们将这种方法扩展到包括n4 -甲基胞嘧啶检测体外和体内甲基化DNA。此外，将序列间痕量比较的应用扩展到细菌基因组DNA。最后，我们提出的证据表明，序列内比较足以检测基因组DNA中的甲基化位点。总之，我们提出了一种检测细菌基因组DNA中所有三种自然类型DNA甲基化的方法。这提供了定义任何原核生物的完整甲基组的可能性。
The identification of methylated sites on bacterial genomic DNA would be a useful tool to study the major roles of DNA methylation in prokaryotes: distinction of self and nonself DNA, direction of post-replicative mismatch repair, control of DNA replication and cell cycle, and regulation of gene expression. Three types of methylated nucleobases are known: N6-methyladenine, 5-methylcytosine and N4-methylcytosine. The aim of this study was to develop a method to detect all three types of DNA methylation in complete genomic DNA. It was previously shown that N6-methyladenine and 5-methylcytosine in plasmid and viral DNA can be detected by intersequence trace comparison of methylated and unmethylated DNA. We extended this method to include N4-methylcytosine detection in both in vitro and in vivo methylated DNA. Furthermore, application of intersequence trace comparison was extended to bacterial genomic DNA. Finally, we present evidence that intrasequence comparison suffices to detect methylated sites in genomic DNA. In conclusion, we present a method to detect all three natural types of DNA methylation in bacterial genomic DNA. This provides the possibility to define the complete methylome of any prokaryote.
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DOI：
10.1073/pnas.051612298
发表时间：
2001-02-27
影响因子：
11.1
作者：
Lin, LF;Posfai, J;Kong, HM
通讯作者：
Kong, HM
影响因子：
64.8
作者：
Alm, RA;Ling, LSL;Trost, TJ
通讯作者：
Trost, TJ
影响因子：
14.9
作者：
Rao, BS;Buckler-White, A
通讯作者：
Buckler-White, A
影响因子：
3.1
作者：
Bart, A;Pannekoek, Y;van der Ende, A
通讯作者：
van der Ende, A
影响因子：
2.6
作者：
Simala-Grant, JL;Lam, E;Taylor, DE
通讯作者：
Taylor, DE