Intact mass detection, interpretation, and visualization to automate Top-Down proteomics on a large scale.
Intact mass detection, interpretation, and visualization to automate Top-Down proteomics on a large scale.
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DOI：
10.1002/pmic.201000177
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发表时间：
2010-10
期刊：
影响因子：
3.4
通讯作者：
Kelleher, Neil L.
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Durbin, Kenneth R.;Tran, John C.;Zamdborg, Leonid;Sweet, Steve M. M.;Catherman, Adam D.;Lee, Ji Eun;Li, Mingxi;Kellie, John F.;Kelleher, Neil L.
将高通量自顶向下MS应用于整个蛋白质组需要一个尚未建立的数据处理模型。由于自上而下正在大规模地成为可能，我们报告了我们最新的软件管道，致力于以自动化的方式捕获完整蛋白质数据的全部价值。对于完整质量检测，我们结合了联合收割机算法，用于处理来自同位素分辨（FT）和电荷状态分辨（离子阱）LC-MS数据的MS 1数据，然后将其链接到碎片离子，以便使用ProSight进行数据库搜索。人类角蛋白和微管蛋白异构体的自动测定是一个结果。新的软件模块针对整个蛋白质的复杂性进行了优化，基于LC保留时间和完整质量的强度可视化蛋白质组规模的数据，并能够选择性检测PTM，以自动筛选乙酰化，磷酸化和甲基化。使用来自酵母菌株以及经历化学强制降解的人细胞的比较LC-MS数据证明了软件功能。我们进一步这些进展的一个关键方面，实现自顶向下MS的蛋白质组规模。
Applying high-throughput Top-Down MS to an entire proteome requires a yet-to-be-established model for data processing. Since Top-Down is becoming possible on a large scale, we report our latest software pipeline dedicated to capturing the full value of intact protein data in automated fashion. For intact mass detection, we combine algorithms for processing MS1 data from both isotopically resolved (FT) and charge-state resolved (ion trap) LC-MS data, which are then linked to their fragment ions for database searching using ProSight. Automated determination of human keratin and tubulin isoforms is one result. Optimized for the intricacies of whole proteins, new software modules visualize proteome-scale data based on the LC retention time and intensity of intact masses and enable selective detection of PTMs to automatically screen for acetylation, phosphorylation, and methylation. Software functionality was demonstrated using comparative LC-MS data from yeast strains in addition to human cells undergoing chemical stress. We further these advances as a key aspect of realizing Top-Down MS on a proteomic scale.
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影响因子：
7
作者：
Patrie, SM;Ferguson, JT;Kelleher, NL
通讯作者：
Kelleher, NL
影响因子：
4.4
作者：
Bailey, Christopher M.;Sweet, Steve M. M.;Cooper, Helen J.
通讯作者：
Cooper, Helen J.
影响因子：
4.8
作者：
LARSSON, N;MELANDER, H;GULLBERG, M
通讯作者：
GULLBERG, M
DOI：
10.1016/j.jasms.2009.08.001
发表时间：
2009-12
影响因子：
3.2
作者：
Lee JE;Kellie JF;Tran JC;Tipton JD;Catherman AD;Thomas HM;Ahlf DR;Durbin KR;Vellaichamy A;Ntai I;Marshall AG;Kelleher NL
通讯作者：
Kelleher NL
DOI：
10.1016/1044-0305(95)00017-8
发表时间：
1995-04-01
影响因子：
3.2
作者：
SENKO, MW;BEU, SC;MCLAFFERTY, FW
通讯作者：
MCLAFFERTY, FW